写在前面,其中的一些具体原理包括算法以后或许会详细添加。
主要参考主源自李霞老师主编《生物信息学理论与医学实践》,陈铭《生物信息学》,冯世鹏《实用生物信息学》,冉隆科《生物信息学最佳实践》,沈百荣《深度猜测徐数据的生物信息学分析及实例》等,还有可获得开放资源。
序列比对包括序列之间的比较分析和序列组成和特征分析。
0️⃣ 序列比对(sequence alignment)的概念
1️⃣ 序列获取:
2️⃣ 双序列比对
3️⃣ 多序列比对
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1 多序列比对(1):简介
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2 多序列比对方法
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3 常用工具和数据库
4️⃣ 核酸序列基本信息和特征信息分析
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0 DNA序列基本信息分析(组分分析和序列转换)
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1 基因开放阅读框的识别
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2 核酸序列特征分析(2):CpG岛预测
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3 启动子区域和转录终止信号预测
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4 内含子/外显子剪切位点的识别(外显子组成和可变剪切)
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5 序列motif的查找和可视化工具
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6 密码子使用模式的分析
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7 限制性内切酶位点分析
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8 重复序列的查找