1893年4月，朝鲜（今朝鲜和韩国）爆发东学道武装起义，多次打败朝鲜政府军队，朝鲜政府请求中国清政府出兵镇压。早在1885年中日在天津订过一个关于朝鲜的条约，规定如果朝鲜出现重大事件，一国要出兵，须互相通知。这个条约，其实已经说明中国放弃了在朝鲜独享的宗主权，却默认日本对朝鲜的部分控制权益。
1890年，俄国的西伯利亚铁路即将完成，日本很眼红。当时的首相山县有朋专门针对俄国势力提出了《外交攻略论》，指出，一个国家除了要维护其疆土主权，还应该维护与自身利益相关却处于领国的利益线。这个利益线，他认为就是朝鲜。之后，日本政府基本确定了吞并朝鲜的计划。
日本已经把朝鲜的内乱当作进军朝鲜继而吞并朝鲜的机会。为了打消李鸿章的顾忌，日本驻朝鲜代理公使杉村故意在袁世凯面前示好并且鼓动清政府出兵。袁世凯不知是计，对日使承认了中国准备出兵，并且电告李鸿章“杉与凯旧好，察其语意，重在商民，似无他意”。据此，李鸿章决定出兵。
6月4日，李鸿章奏派直隶提督叶志超和太原镇总兵聂士成，带一千五百名淮军去朝鲜，另派丁汝昌调军舰到仁川掩护，同时把出兵情况通知了日本。日本早已做好准备入侵朝鲜，接到李鸿章的照会，立刻出动。9日，不顾朝鲜政府的抗议，日本先头部队侵入汉城，紧接着，数千名日本兵在仁川登陆。
日本“背信弃义”地出兵朝鲜给了李鸿章一个天大的难题。此时，日本已经吞并了琉球，在朝鲜的活动越来越猖獗，吞并朝鲜的野心已经很明显。然而，英美对于野心勃勃的日本的态度几乎是纵容。在这样的情况下，有关对日政策，英美说什么，李鸿章答应什么，依然希望“以夷制夷”。
“以夷制夷”的结果却让日本得寸进尺。7月25日，在牙山口外的丰岛海 ，日本突然向中国船队袭击，有一艘满载中国士兵的英国商轮被击沉。李鸿章认为日本人不敢打英国船，就重价租用英国船运兵。可是，这样的小计怎能蒙混得了狡猾而狂野的日本人？可见李鸿章当时确有些迂腐。
海上突然袭击的同时，汉城的日本陆军也开始进攻中国军队。聂士成部刚与日军接触就仓皇败逃，驻扎在公州的叶志超部也弃阵而逃，一直逃到平壤。李鸿章让叶志朝统帅平壤各军，一万四千多清军就这样窝在平壤等着日军进攻。开战后，除了左宝贵等少数官兵英勇奋战至死，叶志超等又弃城而逃，溃不成军，一直退回到鸭绿江以北。四十尊大小炮、万余杆枪和所有粮饷都留给了日军。
9月下旬，日军渡过鸭绿江侵入中国。四川提督宋庆统帅的四万军队不战而退，把丹东、九连城、凤凰城等地丢给了日军。
9月17日，日本舰队逮着机会袭击了北洋舰队。丁汝昌在定远号的飞桥上，飞桥年久失修，刚打一炮，飞桥居然被震断，丁汝昌坠落摔成重伤。海战一个下午，十三艘船中有两艘逃走，三艘被击沉，其余损伤或轻或重。日本十二艘船中，一艘被打瘫，一艘被击沉，有几艘遭重创。可见，如果英勇抗敌，清军并非不堪一击。
然而，被突袭之后，李鸿章没有积极组织全国的海军积极抗日，却命令所有北洋舰队龟缩在威海卫港不许出战，如此昏聩之举直接导致北洋海军的全军覆灭。
海军不出动，相当于把渤海湾敞开给日军。日本人似乎知道旅顺港的大炮是中国人刚从德国买来的，便向旅顺港进攻。先从花园口登陆，没有遇到任何阻击，再直扑金州，两天后占领了大连，修整10天，又用4天拿下旅顺。金州大连旅顺一带的清军，一战即退，溃不成军，只有徐邦道率部进行了英勇的抗击，给敌多次挫折。
1894年12月，日军同样以陆路抄袭的方法进攻威海。2万多日军在成山角登陆。躲在威海港内的全部北洋舰队（大小兵舰十五艘和鱼雷艇十三只）守着李鸿章的命令没有出来阻击。日军登陆10天后，攻占了威海的所有炮台，并且用海军封锁了港口，此时的北洋海军就成了瓮中之鳖。
这时，威海口外的刘公岛还在清军手里。如果配合这个力量，港内的北洋舰队再奋起突围而战也是可行的。但是，北洋舰队的官员在英美顾问的劝诱下，竟然挑唆刘公岛上的官兵哗变，胁迫丁汝昌投降，丁汝昌被逼服毒自杀，刘公岛的北洋海军投降了日本。尚存的十一艘兵船以及刘公岛上的一切军用器械物资完好地送给了日本。
花费国家巨资建立起来的北洋海军就这样彻底覆灭了，李鸿章的私人势力轰然而塌，他的淮军亲信将领们绝大多数是贪生怕死的腐败官员。可见，腐败之害是要亡国的。甲午惨败的直接原因就是腐败，而腐败的原因是专制。
李鸿章受到全国人民的谴责，湘系的两江总督刘坤一出任钦差大臣，驻山海关，担任统帅，湖南巡抚吴大徽以及先前在鸭绿江边带军不战而退的四川提督宋庆为副。他们从湖南、湖北、安徽调动了大量军队出关，形势似乎还能扭转。
遗憾的是，不只是李鸿章系腐败，满清的专制、人治和官制注定了腐败是全国性的，湘系官员同样贪生怕死迂腐无能。六万多清军进攻海城的日军，结果在日军的反扑下全部溃退，鞍山、营口、锦州直到山海关一线不保，清政府只好停战议和。
甲午惨败，从军事上来说，并不只是海战的失败，陆地上的溃败才是主要的原因。从朝鲜就开始溃败，败退到中国领土上，然后继续屡战屡退。
日本要求清政府派李鸿章谈判。中国的失败，在军事上，李鸿章负有直接的领导责任。1895年4月17日，李鸿章顶着全国人的臭骂屈辱地同日本签订了《马关条约》，规定，辽东半岛、台湾以及所属岛屿割让给日本，赔偿日本军费两万万两，日本获取在华各通商口岸的一系列特权。
台湾被割让后，台湾的人民群众自发地英勇抗击了日军。如丘逢甲、徐骧、姜绍祖等年轻的知识分子率领群众组成义军，原来的“土匪”简精华、林义成、黄荣邦等，还有刘永福的军队都曾英勇地抗击过日军，徐骧、姜绍祖等战死。刘永福坚持到最后，被迫逃回大陆。刘永福先是在越南抗击法军，后又在台湾抗击日军，作为一名军人，他算是尽责了，也是个英雄。
小日本打败了大中国，不仅震惊了中国人，也让当时的世界大跌眼镜，各国开始对中国有了轻侮之心。开仗前，世界还是看好中国的，日本自己也有赌一把的心态，希望老天让中国还是像10年前中法战争时候一样地窝囊和无能。
83/84年间的中法战争是日本对中国心态的转折点。中法战争之前，日本认为中国比日本强大很多，对中国有惧怕心理。1879年吞并琉球后，怕引起中国的抗议，还曾提过把南部的宫古群岛和八重山群岛转让给中国的方案。中法战争爆发后，马尾港覆灭，台湾以及澎湖曾经被法军占领。日本看出了满清中国的软弱和无能，确定满清将无法保住台湾，因此产生了吞并台湾的野心，而且敢于发动甲午战争。
