心里的愿望难于实现而且无法明言，同时又缺乏可以密商的智囊人物，从此他就成了一个孤独的君主。他很想把内阁大学士拉到自己这一方面来，但也不敢公然出口。而事与愿违，历届的首辅都以群臣的发言人自居，不断地催促皇帝按长幼之序册立常洛为太子。催促无效，首辅只能引咎自责，挂冠而去。这样—来，做皇帝的不得不应付几个个性完全不同的首辅，应付几种不同方式的催促，因而搜索出来的理由就前后不能一致，从而使人更清楚地感觉到他确实缺乏诚意。
多少年来，文官已经形成了一种强大的力量，强迫坐在宝座上的皇帝在处理政务时摈斥他个人的意志。皇帝没有办法抵御这种力量，因为他的权威产生于百官的俯伏跪拜之中，他实际上所能控制的则至为微薄。名义上他是天子，实际上他受制于廷臣。万历皇帝以他的聪明接触到了事情的真相，明白了自己立常洵的计划不能成功，就心灰意懒，对这个操纵实际的官僚集团日益疏远，采取了长期怠工的消极对抗。
历史学家似乎很少注意到，本朝以诗书作为立政的根本，其程度之深超过了以往的朝代。这在开国之初有其客观上的可能。洪武皇帝大规模地打击各省的大地主和大家族，整个帝国形成了一个以中小地主及自耕农为主的社会。朝廷又三令五申，力崇俭朴，要求文官成为人民的公仆。在这种风气之下，人们心里的物质欲望和嘴上的道德标准，两者的距离还不致相差过远，充其量也不足以成为立政上的障碍。
财政上的情况既是如此，在文官体制上，普遍使人感到困难的是各级地方官都没有实际力量足以应付环境的变化。他们没有完全驾驭下级的能力，因为各人自抽“常例”，即下级也拥有财政权；人事权则集中于北京，对下级的升降奖罚，上级只能建议而无法直接处理。
