一、β多样性分析的概念
Beta多样性指的是样本间多样性。在肠道菌群分析中，Beta多样性是衡量个体间微生物组成相似性的一个指标。通过计算样本间距离可以获得β多样性计算矩阵，后续一般会利用PCoA、进化树聚类等分析对此数值关系进行图形展示。主要基于OTU的群落比较方法，有欧式距离、bray curtis距离、Jaccard 距离，这些方法优势在于算法简单，考虑物种丰度（有无）和均度（相对丰度），但其没有考虑OTUs之间的进化关系，认为OTU之间不存在进化上的联系，每个OTU间的关系平等。另一种算法Unifrac距离法，是根据系统发生树进行比较，并根据16s的序列信息对OTU进行进化树分类， 一般有加权和非加权分析。
QIIME2中重要的Beta多样性指数：
Jaccard距离：群落差异的定性度量，即只考虑种类，不考虑丰度。
Bray-Curtis距离：群落差异的定量度量，较常用。
Unweighted UniFrac距离：包含特征之间的系统发育关系的群落差异定性度量。
Weighted UniFrac距离：包含特征之间的系统发育关系的群落差异定量度量。
二、R绘制三维PCoA图
解压缩通过qiime2输出的 .qza文件，获得绘图的matrix和pcoa结果文件
qiime tools export \
--input-path bray_curtis_distance_matrix.qza \
--output-path bray_curtis
将pcoa结果整理成下表，保存为 ***_site.txt
#载入数据
setwd("D:/your_work_path/")
pca_site <- read.delim('***_site.txt', sep = '\t', stringsAsFactors = FALSE)#scatterplot3d包
library(scatterplot3d)
#调整角度，保存
scatterplot3d(pca_site$PC1, pca_site$PC2, pca_site$PC3, color = rep(c('#f94144', '#f9c74f', '#5390d9'), c(8, 6, 6)), angle=40,cex.symbols=1.5,cex.axis=0.8, pch = rep(rep(c(15,16,15,16,15,16), c(4, 4, 3, 3, 3, 3))),xlab = paste('PCoA1: 15%'), ylab = paste('PCoA2: 12%'), zlab = paste('PCoA3: 8%'))
