【大致阐述一下操作思路,还没实际应用过】
所需软件:bandage
所需文件:①fastg文件;②csv文件
(这两个文件都是跑组装程序pbs生成的)
操作步骤:
1.打开bandage后,File→Load graph→选择fastg文件
File→Load CSV→选择csv文件
点击draw graph:
2.选择其中的一段(点击即可),ctrl C,然后到Geneious中ctrl V。
将bandage中所有片段都这样复制到Geneious中进行注释,下面以两个基因序列的片段为例:
在Clipboard Contents 4上右键,选择Map to Reference。
3.看那两条序列,可以发现有重叠的部分。任选其一,将重叠的部分删去,只保留一段。
就按上述的步骤,将所有的序列连接起来,将重叠的部分删去其一,即可。