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文献学习 【要做笔记】
1.A comprehensive evaluation of normalization methods for illuminating high-thoughput RNA sequencing data analysis
- Methods to study splicing from high-throughput RNA sequencing data
- survey of best practices for RNA-seq data analysis
- hppRNA-a snakelike-based handy parameter-free pipeline for RNA-seq
analysis of numerous samples- Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by
performing a broad-spectrum RNA-seq analysis
• RNA sequencing: the teenage years
一、转录组的最佳实践
1.实验设计
2.测序设计
3.质控
核心部分主要是：定量，差异表达分析，解释。更进一步就是联合
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二、应用
- 差异表达基因
Drug treated vs. untreated cell line
Wild type versus knock out organism - 发现新的转录本
- RNA编辑
- 可变剪接
- LncRNA鉴定
- 基因融合
- SNP Indel
三、分析策略
如何选择软件？如何选择参数【要找综述进行参考】!
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四、pipeline
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五、实验流程图
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1.为何要打断？【技术限制，只能测短的】
2.为啥要反转录生成cDNA呢？【RNA不够稳定】
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文库：连接好接头的cDNA，叫做文库，英文为library
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index：一段特定的序列，标记不同来源的样本
6-8个碱基
read2测序引物结合位点：在Index序列的旁边GAT
文库质控
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如何看图？【如果降解了就会被打断，5‘被打断了，5就变短了】
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SBS（Sequencing-By-Synthesis）：
通过单分子阵列实现在小型芯片（Flowcell）上进行桥式PCR
反应。通过可逆阻断技术实现每次只合成一个碱基，再利用
四种带有不同荧光标记的碱基，通过荧光激发/捕获，读取碱
基信息基于可逆终止的、荧光标记dNTP，边合成边测序
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双端测序（容易理解错）
DNA链，除了正向读一遍，还可以从DNA的负向读一遍
将DNA测序的有效长度加长了一倍
Forward strand：read1
Reverse Strand：read2，3'端引物
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