来自生信技能树小洁老师：
图就是数据，数据就是图
安装作图的包
#设置镜像
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
#安装R包
if(!require(ggplot2))install.packages('ggplot2',update = F,ask = F)
if(!require(ggpubr))install.packages('ggpubr',update = F,ask = F)
if(!require(eoffice))install.packages("eoffice",update = F,ask = F)
if(!require(patchwork))install.packages("patchwork",update = F,ask = F)
#加载以检查是否安装成功
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(eoffice)
library(patchwork)
画图的目的是用函数去展示数据，给它一个清晰和直观，易读的视图。
1.常见可视化R包
- 1.1 作图R包：
base
ggplot2
ggpubr
- 1.2 拼图R包：
par里的mfrow
grid.arrange
cowplot
customLayout
patchwork
- 1.3 图片导出：
经典三段论
ggsave
eoffice：topptx
1.1 作图R包：
base：古老的，一打开R语言之后就能直接使用的，R语言自带，不需要加载任何包就能够使用的函数统称为base包，有狭义和广义之分，这里说的是广义。之前用plot()给一个向量画图和boxpolt()给两个向量画图，不需要加载任何包。
ggplot2：重点学习，比较系统，画不同图需要注意的事项（参数复杂，函数多，默认灰色背景）。
ggpubr：不算单独的一个体系，是对ggplot的一个美化和简化，ggplot2有自己的个性、语法，没有系统学习语法会觉得不友好，而ggpubr让这些语法简化些，并且对ggplot默认的视图做了一些美化，有些细节需要回归到ggplot2。
1.2 拼图：
patchwork：目前最好用的拼图R包叫patchwork，专门用来拼ggplot2的R包，其它类型的图片需要转换，有的可以，有的不行时，可以用cowplot。
par里的mfrow：一分为四，四张图出现在画板里，mfrow=c(2,2)把画板分成两行两列的意思。
1.3 导出：
能用代码完成的事情就不用鼠标。
1.3.1 ggsave函数
专门是用来给ggplot2画的图保存的，如果不是用ggplot2画出的图，可能ggsave不能保存。
1.3.2 eoffice函数
toppx，把一张图片导出为ppt。
2.作图分三类
2.1 基础包
略显陈旧，了解一下
以下的画图函数在基础包里，不需要加载，直接使用就好。
高级绘图函数和低级绘图函数是按照功能来分的。低级绘图函数是加小零件之类的，加标题，线条之类的，不能直接出图，需要有寄生属性；高级绘图函数能直接出图的基础包函数，不依赖其它函数的存在。
单独先运行低级函数的代码会报错，必须先运行高级绘图函数代码，有图之后再添加东西（再运行低级绘图函数代码），代码运行的顺序不能错。
plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5])
##高级绘图函数的代码
text(6.5,4, labels = 'hello')
##低级绘图
运行高级绘图函数出图：
运行低级绘图函数代码
关闭画板：有时候不出图时，关掉画板。
dev.off()
2.2 ggplot2
中坚力量，语法有个性
library(ggplot2)
ggplot(data = iris)+
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length,
color = Species))
##data = iris画图的数据，其它选项（颜色，背景等）是默认的。
3.3 ggpubr
新手友好型 ggplot2简化和美化 褒贬不一
library(ggpubr)
ggscatter(iris,
x="Sepal.Length",
y="Petal.Length",
color="Species")
##代码比ggplot的简单些，ggscatter用来画点图的函数。在ggplot上做一些代码简化，图片比默认的ggplot好看，没有背景等细节美化。
ggpubr褒贬不一，是对ggplot2的补充和美化，把ggplot2学到熟练，不用学ggpubr都可以。
说明
以上内容是听生信技能树小洁老师的R语言线上课，根据自己的理解记录下来，小洁老师授课非常细心，对不同水平的同学都照顾到，并且补充很多技巧以及注意事项，总结归类做的很好。
