朱棣攻下南京城，抢了他的侄子朱允炆的皇位，自己做起了皇帝。但是皇位可以靠武力抢过来，民心却不是靠武力能抢过来的。因为皇位来得不正统，民间也一直传说朱允炆还活着，朱棣心里就很不踏实。
朱棣即位后，首先干的一件大事就是要收编朱允炆的大臣，只要他们能投降自己，那天下反对自己的声音就会越来越小。但是这件事进行得并不顺利，朱允炆下面有很多有骨气的大臣，他们宁死也不投降朱棣。
方孝孺作为朱允炆手下最有影响力的文臣，自然是朱棣要拿下的重点目标。
据《明史》记载，朱棣攻下南京城后，派人把方孝孺叫来，他想让方孝孺起草诏书。方孝孺到了以后，在殿上大哭。朱棣亲自从自己的座位上走下来，来到方孝孺身边，劝说方孝孺认清现实，给自己写诏书。但是方孝孺一直不同意，反而挖苦朱棣。朱棣让左右的人把笔札拿过来，方孝孺把笔仍在地上。据《明史纪事本末》记载，朱棣很残忍地让手下用刀到把方孝孺的嘴巴两边割开，一直割到耳朵那里。方孝孺最终被朱棣磔死（残忍的酷刑，将身体肢解）。
方孝孺的弟弟方孝友和方孝孺一起同时被杀死，方孝孺的妻子和两个儿子子上吊自杀，方孝孺的两个女儿投秦淮河自杀。
朱棣和他父亲朱元璋一样，也是特别残暴和残忍，动辄举起屠刀，滥杀无辜，视人命如草芥。朱棣占领南京以后。在皇宫中大开杀戒，“清宫三日，诸宫人、女官、内官多诛死”，皇宫里只有那些以前得罪过建文帝的人才能活下来。
朱允炆的两个主要谋士齐泰和黄子澄被抓住后，送往南京城，二人不愿意投降朱棣，和方孝孺一起同时被杀死。齐泰的兄弟也被连坐杀死。黄子澄的族人无论老少全部被斩首，黄子澄的姻亲都发配戍边。
礼部尚书陈迪被抓住以后，当面指责朱棣，朱棣将陈迪和他的六个儿子全部杀死。
刑部尚书暴昭被抓住以后，大骂朱棣，不屈服，朱棣先把他的牙齿拔掉，然后砍断他的手和脚，暴昭依然骂声不绝。朱棣最后砍断了他的脖子。
朱允炆手下宁死不屈的大臣有很多，这里也就不一一列举了。孟子讲过“富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈。”这些人配得上孟子说的这三句话。
