做病理组学研究,需要安装和导入openslide包,但是这个包比较特殊,安装起来比较麻烦。记录如下。
安装
最开始通过conda安装,换了几个channel都没有找到,最后只能通过pip安装
pip install Openslide-python
但是导入的时候报错
这条报错提示的是找不到OpenSlide的DLL文件,这很可能是openslide的安装不完整或者未设置DLL文件的搜索路径导致的。报错信息提示可以用os.add_dll_directory试一下。
添加环境变量
首先在官网下载Windows的包
https://link.zhihu.com/?target=https%3A//openslide.org/download/
解压缩之后,在环境变量中加入bin和lib这两个文件夹的地址,如下图所示。
然后尝试导入openslide,还是出现同样的报错。
修复DLL路径
复制bin文件夹的地址,在导入openslide库之前,增加代码
import os
os.add_dll_directory(r'C:\Users\Crimson\Documents\openslide\bin')
from openslide import open_slide
再次尝试运行,成功了
在服务器上安装的注意事项
如果是在服务器上安装的话,需要先用conda装一些底层的库之类的
conda install -c conda-forge openslide
安装完之后再
pip install openslide-python