原因：
造成这个问题的原因最有可能是使用了SVN或git。
你在新建工程时，使用了SVN或Git管理你的项目，然后直接在项目文件夹（Finder）内删除某个文件后，并没有同步到SVN或Git上（虽然本地是删除了，但是SVN或Git仓库里还存在此删除文件）。
亲测有效的方法如下：
方法一：
Xcode->Preferences->Source->Enable Source Control 勾勾去掉
这个方法的确能解决问题，但是你有更新需要提交的时候还是得打开，不能从根本上解决问题。不推荐使用。
方法二：
找到报警信息，找到相应文件夹，和相应文件名称，新建一个同名文件，拖入到工程内，不要选择copy，clean后，在工程中删除此文件，一切都清净了。
注意：是从工程中删除哦~~~
我就是用这个方法解决的。
网上还有很多其他方法，汇总在这里，供大家参考：
方法一：
直接Commit一下你新建的，或者删除的文件到SVN或Git上就行了。
方法二：
直接在终端下用SVN或Git命令删除 missing file 文件（注意：需要cd到提示你missing file 文件的路径下）
SVN :
svn delete nameOfMissingFile
Git：
git rm nameOfMissingFile
有不对的地方，欢迎指正，另外如果对这个问题有更深的认识，或有其他解决方法，也欢迎沟通交流，期待ing😜😝
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