2-相关程序

广义线性模型Proc GENMOD。SAS中通过不同命令dist=和link=来分别定义分布和连接函数。
SAS中给出的常用的dist和对应的link:

Traditional Linear Model
  • response variable: a continuous variable
  • distribution: normal
  • link function: identity, g(μ)=μ
    (等同于一般线性模型,此时MLE估计=OLS估计)
Logistic Regression
  • response variable: a propotion
  • distribution: binomial
  • link function: logit, g(μ)=log(μ/(1-μ))
    (等同于一般线性模型,此时MLE估计=OLS估计)
Poisson Regression in Log-Linear Model
  • response variable: a count
  • distribution: Poisson
  • link function: log, g(μ)=log(μ)

除了上述的固定搭配外,也可以定义不同的分布对应不同的链接函数。

不同Dist、Link对应的不同模型及率的估计:

在计算校正OR、RR、RD时,有以下几个选择。

---Genmod模型
  • (a) Identity Link model:π_{ij}=β_0+β_1x_{ij}+...=L'β,
    估计率即为π,因为是恒等模型,可能会出现π不在(0,1)范围内,使目标率出现不合理的估计值。
  • (b) Log Link model:log(π_{ij})=β_0+β_1x_{ij}+...=L'β,
    π_{ij}=exp(L'β), 可能会出现>1的估计值。
  • (c) Logit Link model: logit(π_{ij})=β_0+β_1x_{ij}+...=L'β,
    π_{ij}=\frac{exp(L'β)}{1+exp(L'β)},率差不能简单相减(即β参数)获得,因为此时率的估计中包含了截距和协变量,无法直接减掉。

-OR
proc genmod descending;
model death=receptor stage2 stage3/dist=bin link=logit;
estimate ‘OR receptor low vs. high’ receptor 1/exp;
estimate ‘OR stage2 vs stage1’ stage2 1/exp;
estimate ‘OR stage 3 vs stage1’ stage3 1/exp;
/* 此时模型为log(P/(1-p))=L'β */
/* 估计出差值后通过exp反变换 */
/* EXP:request exp(L'β), its standard error, and its confidence limits be computed - sas help */
run;

RR
proc genmod descending;
model death=receptor stage2 stage3/dist=bin link=log;
estimate ‘RR receptor low vs. high’ receptor 1/exp;
estimate ‘RR stage2 vs stage1’ stage2 1/exp;
estimate ‘RR stage 3 vs stage1’ stage3 1/exp;
/* 此时模型为log(P)=L'β*/
/* 线性参数估计值β为log(RR) */
/* 估计出差值后通过exp反变换 */
/* EXP:request exp(L'β), its standard error, and its confidence limits be computed - sas help */
run;

  • RD:
    proc genmod descending;
    model death=receptor stage2 stage3/dist=bin link=identity;
    estimate ‘RD receptor low vs. high’ receptor 1;
    estimate ‘RD stage2 vs stage1’ stage2 1;
    estimate ‘RD stage 3 vs stage1’ stage3 1;
    /* 此时模型为P=L'β */
    /* 此时线性参数的估计值β即为RD的估计值 */
    run;
    BINOMIAL REGRESSION IN GLIM: ESTIMATING RISK RATIOS AND RISK DIFFERENCES
    模型不收敛时的方法可参考Model choices to obtain adjusted risk difference estimates from a binomial regression model with convergence
    problems: An assessment of methods of adjusted risk difference estimation
    模型不能收敛时dist=bin替换为dist=possion.

---Logistic模型

数据--SAS help-logistic examples02

  • OR通过logistic模型直接估计。
    proc logistic data=temp;
    class treatment (ref='0')/param=ref;
    model pain (event='Yes')=gender age treatment;
    run;

    proc genmod data=temp;
    class treatment (ref='0')/param=ref;
    model pain1=gender age treatment/dist=bin link=logit;
    run;
    结果基本相同。

  • RD的估计值则是所有个体取x1=1与x1=0时差值的平均值,假设x1为组别变量(1=试验组,2=对照组),则RD为所有受试者均作为试验组的率-所有受试者均作为对照组的率(不管初始分配的组别)。

    n为样本总体数量

    可以通过logistic得到各个π_{ij}后计算均值即为RD
    e.g.
    proc logistic data=temp;
    class treatment (ref='0')/param=ref;
    model pain (event='Yes')=gender age treatment;
    output out=pred_p p=p;
    run
    在计算OR的logistic回归的程序上输出predicted probability.
    logit(\frac{p}{1-p})=-11.3013+1.6948*gender+0.1708*Age-2.8181*Treatment
    subject=1 -> gender=0,Age=68,treatment=0 -> p=0.578
    subject=2 -> gender=0,Age=67,treatment=0 -> p=0.5355
    ... ...
    所有受试者的预测值计算RD。同样的数据用Genmod来计算就会出现不收敛的问题。

RD的标准误:对于identity link,可以直接通过模型得到。对于Log 和 Logit Link,则需要通过delta method来计算,需要用到SAS/IML。
参考文献:1. An Illustration of Rate Difference Estimation with SAS in Logistic Regression (Delta Method with IML)。2. Performance of models for estimating absolute risk difference in multicenter trials with binary outcome。3. Covariate-Adjusted Difference in Proportions from Clinical Trials Using Logistic Regression and Weighted Risk Differences

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