目前最好用、最完整的功能注释软件是 eggnog-mapper。
新版本包括基因组和功能数据库的全面更新，以及效率增强和几个新功能。
从原始重叠群进行从头基因预测
成对直系同源预测
快速发现蛋白质结构域
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自动化GFF修饰
网页版
网页版地址：http://eggnog-mapper.embl.de
提交后会收到邮件，点下面连接，然后点 “start job”
本地版
emapper.py -i ./pep.fasta \
-o egg --itype proteins -m diamond --cpu 20 1>emapper.log 2>&1
脚本可在github上面下载
eggnog-mapper/emapper.py at master · eggnogdb/eggnog-mapper · GitHub
统计和可视化
这里用到一个脚本进行结果统计和可视化
eggnogmapper.R egg.emapper.annotations pep.fasta
