跟着Nature Medicine学画图：R语言画堆积柱形图和时间数据做坐标轴的处理

今天的推文内容来自论文 Clustering and superspreading potential of SARS-CoV-2 infections in Hong Kong，期刊是 Nature Medicine

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论文的数据代码公开，非常好的学习R语言的素材

数据代码地址 https://github.com/dcadam/covid-19-sse

今天的推文内容我们来学习一下论文中的 Extended Data Fig. 3a ，堆积柱形图

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这个图是使用R语言的ggplot2包实现，用到的函数是geom_bar(),数据如果是离散变量，通常只需要一列数据就可以，出图以后柱子的高度展示的是这个变量出现的次数，下面我们构造一份数据

df<-data.frame(axis.x=c(rep("A",3),
                        rep("B",5),
                        rep("D",4)))
df

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ggplot2画图

ggplot(data=df,aes(x=axis.x))+
  geom_bar()

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如果要搞成堆积柱形图的形式，在添加一列新的变量用来填充颜色

df<-data.frame(axis.x=c(rep("A",3),
                        rep("B",5),
                        rep("D",4)),
               axis.y=c(sample(c("apple","orange","banana"),
                               12,replace=T)))
df
library(ggplot2)
ggplot(data=df,aes(x=axis.x))+
  geom_bar(aes(fill=axis.y))

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以上是基本内容，接下来我们看一下论文中的数据和代码

bar_data <- readr::read_csv("Single_Cell/covid-19-sse-master/data/bar_data.csv")
bar_data

ggplot(data=bar_data) +
  geom_bar(aes(x = epi.date, fill = cluster.generation), width = 0.9) +
  scale_x_date(name = "Onset Date",
               date_breaks = "2 days", 
               date_labels = "%d %b", 
               minor_breaks = NULL) +
  scale_y_continuous("Case Count", expand = c(0,0), breaks = seq(0,16, by = 2), limits = c(0,16)) +
  theme_classic() +
  theme(#aspect.ratio = 0.3, 
        legend.position = 'none', 
        axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1 )) +
  scale_fill_viridis_d()

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这里学习到了一个新的知识点：ggplot2作图x轴如果是时间格式的数据默认显示的是日加月份，这个时候如果要更改x轴的标签需要用到scale_x_date()函数

接下来使用R语言里的economics数据集画一个折线图

ggplot(data = economics, aes(x = date, y = psavert)) + 
  geom_line(color = "steelblue")+
  theme_bw()+
  scale_x_date(breaks = '1 year')+
  theme(axis.text.x = element_text(hjust=1,vjust=0.5,angle=90))

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breaks的参数可选

day week month year

日期的显示格式

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如果只想显示年

ggplot(data = economics, aes(x = date, y = psavert)) + 
  geom_line(color = "steelblue")+
  theme_bw()+
  scale_x_date(breaks = '1 year',
               date_labels = "%Y")+
  theme(axis.text.x = element_text(hjust=1,vjust=0.5,angle=90))

还可以更改年月日之间的分隔符

ggplot(data = economics, aes(x = date, y = psavert)) + 
  geom_line(color = "steelblue")+
  theme_bw()+
  scale_x_date(breaks = '1 year',
               date_labels = "%Y,%B,%d")+
  theme(axis.text.x = element_text(hjust=1,vjust=0.5,angle=90))

这里我遇到的问题是：我的月份默认显示的是中文，如何将他改成英文呢？

还可以只选取一定的范围

min <- as.Date("2002-1-1")
max <- NA
ggplot(data = economics, aes(x = date, y = psavert)) + 
  geom_line(color = "steelblue")+
  theme_bw()+
  scale_x_date(breaks = '1 year',
               date_labels = "%Y,%B,%d",
               limits = c(min,max))+
  theme(axis.text.x = element_text(hjust=1,vjust=0.5,angle=90))

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参考链接

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最后编辑于：2021.03.02 11:30:04