生信绘图小技巧 | 多组小提琴柱状组合图绘制


昨天,我们分享了跟着NC学作图 | 差异比较小提琴+柱状组合图的教程。这是单个图形的教程,如果是多个类似的图形,我们需要绘制呢?


对于这个问题,我们很多同学首先想到的就是“拼图”,这也是我的首先想到的。

使用plot_grid()函数进行拼图

拼图的方式很多,我一直都是使用plot_grid()进行拼图,我个人认为这是很简单的方法。

plot_grid()操作

### 数据

head(df)
CCLE_ID all_pseudotime emt_score target_tissue CI.05 CI.95
1 22RV1_PROSTATE 49.27840 -1.104890 brain -3.824015 -2.976779
2 22RV1_PROSTATE 49.27840 -1.104890 lung -3.824015 -2.721612
3 22RV1_PROSTATE 49.27840 -1.104890 bone -3.824015 -2.503531
4 22RV1_PROSTATE 49.27840 -1.104890 liver -3.285850 -2.146388
5 22RV1_PROSTATE 49.27840 -1.104890 kidney -3.824015 -3.141363
6 2313287_STOMACH 45.07075 -1.792617 kidney -4.034838 -4.034838
mean penetrance status_metpot
1 -3.220084 0.14285714 weakly_metastatic
2 -3.135029 0.07142857 weakly_metastatic
3 -2.940992 0.07142857 weakly_metastatic
4 -2.438389 0.21428571 weakly_metastatic
5 -3.467631 0.07142857 weakly_metastatic
6 -4.034838 0.00000000 non_metastatic

## 绘制图形
p1
p2
p3
..............

## 拼图 
plot_grid(p1,p2,p3,
          p4,p5,p6,
          p7,p8,p9,
          p10,p11,p12,
          ncol = 3, nrow = 4, labels = "AUTO", align = "hv", label_size = 16)

具体参数:

  • ncolnrow:行与列的数量
  • labels = “AUTO” `:自动标注A、B、C等,也可以自己设定
  • label_size:labels的大小
  • align:Specifies whether graphs in the grid should be horizontally ("h") or vertically ("v") aligned. Options are "none" (default), "hv" (align in both directions), "h", and "v"
    .....
    具体参数可以看plot_grid()文档。

同类型的图,你需要话很多遍,或者直接写个for循环也可以的。


偷懒的操作要如何做呢?

使用facet_wrap()函数即可,具体操作请看下面的。
直接使用前面的数据和代码绘制[跟着NC学作图 | 差异比较小提琴+柱状组合图]

多个图形

添加facet_wrap(~target_tissue)即可。因此,在数据中需要有target_tissue的分类信息。

ggviolin(df, "status_metpot", "emt_score", fill = "status_metpot",
             palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
             add = "boxplot", add.params = list(fill = "white"),xlab="Metastatic Potential")+ 
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,method="wilcox")+ 
  geom_hline(yintercept=0, linetype="dashed", color = "red")+
  ## 添加该信息组
  facet_wrap(~target_tissue)

ENDING!!

往期文章:

1. 最全WGCNA教程(替换数据即可出全部结果与图形)

WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一

WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二

WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三

2. 精美图形绘制教程

精美图形绘制教程


小杜的生信筆記 ,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 194,491评论 5 459
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 81,856评论 2 371
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 141,745评论 0 319
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 52,196评论 1 263
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 61,073评论 4 355
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 46,112评论 1 272
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 36,531评论 3 381
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 35,215评论 0 253
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 39,485评论 1 290
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 34,578评论 2 309
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 36,356评论 1 326
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 32,215评论 3 312
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 37,583评论 3 299
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 28,898评论 0 17
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 30,174评论 1 250
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 41,497评论 2 341
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 40,697评论 2 335

推荐阅读更多精彩内容