P1 优先选择二进制可执行软件来安装
不同组学任务模块
比对重要
全基因组测序/外显子测序 找差异和变异
转录组相关计数
软件安装规律:
- 二进制,下载 解压,全路径调用
#C语言查看在还是不在
which make
which cmake
which java
which perl
which python
#查看版本
python --version
perl --version
查看版本,版本问题导致错误
如何判断所有软件是否是二进制,进入软件官网查看,例子fastqc
右键复制下载链接
每个软件都有一个文件夹
find ./-name ""*gz #找压缩包,自带测试数据,软件会相互依赖,会有打包软件
mkdir biosoft
cd biosoft/
ls
mkdir fastqc
wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.dmg
history |grep fastqc
#历史记录中搜索fastqc
which fastqc
/usr/bin/fastqc
#需要root权限
touch tmp
#创建一个空的文件夹来查看是否在/usr/bin/ 下有root权限
touch; cannot touch 'tmp':Permission denied
sudo touch tmp
#获得root权限创建新的空文件
sudo rm tmp
#用root权限删除tmp文件