故事梗概：
出生在17世纪英格兰的菲尔从小与父亲一起航海，学会了许多航海的知识与经验，直至19岁那年父亲航海失事，他也因此成为了孤儿，又因为一次意外枪击事件逃离伦敦去航海。
他因为丰富的航海经验和才智得到了船长的赏识，却在遭遇一次前所未有的暴风雨之后被一伙海盗抢夺了他们的船只，杀死了他们的船长，无奈他只能被迫加入海盗团，跟随海盗团一起前往西班牙掠夺财富。
在海盗团经历了劫船被炮击和抢劫小镇被追打之后，菲利普找机会逃离了海盗船，想求助其他船只却被当成海盗间谍，最后和那帮海盗一起被捕接受审判。
最后菲利普因为他的正直避免了审判，开始了另一种战斗生活。
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时代背景理解：
17世纪的欧洲开启了大航海时代，也是海盗盛行的时代。
菲利普的父亲追求航海自由与菲利普的祖父决裂。
17世纪的西班牙和英格兰关系恶化，海上战争频繁。
当时英格兰压迫苏格兰，大批苏格兰少年特意跑到英格兰，忍受着种族歧视艰辛谋生。
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这本书的故事脉络很清晰，主要是三个部分，因为枪击事件而逃亡-海上历险-审判后的重生。
在《黑暗护卫舰》这个故事里的主人公虽然是菲利普，但是描述得有血有肉更为生动的是抢夺他们船只的海盗老大，把一个海盗的卑鄙无耻、心狠手辣、诡计多端、心思缜密、小心谨慎展现得淋漓尽致。
在故事梗概里讲到海盗团在暴风雨后抢夺了他们的船只，其实一开始他们是作为客人上的船。
在遭遇暴风雨之后菲尔的船只损害严重，遇到了损害更为严重的船只，船长善良把他们接到了船上，因为设备有限只接收了一半的人数，另一半只能随着船只沉入海底。
在通过救生艇上船时因为一个船员不听命令，海盗船长便毫不留情地把对方刺死打翻进海里。
“老大站了起来，眼睛里闪着恶魔般的凶光，他把船桨朝最前面的那个人砸去，把他打翻到了海里。在他落水的海面上，泛起了一大片红色的污渍。这一幕太可怕了，其他人开始按照老大的命令行事”
上了船之后便开始假装与船长交好，却暗暗地观察船上的情况和人员工作的分布，计划着夺船。
“他在主桅平台上来回走了一会儿，做出一副研究大海和风暴给船腰所造成损害的样子。不过，他没有错过周围发生的一切，并且仔细观察了每个值班水手的位置。”
在夺船的时候毫不犹豫地杀害了救了他们的船长和大副以及舵手。
“站在大副身后的人将一把六英寸长的蓝钢钢刀插进了他的后背，穿过他的肋骨，刺穿了他的心脏。”
夺船成功之后便开始计划前往西班牙掠夺船只小镇的财富，虽然败北，但此心不改。
“两人一栋房子，”老大说，“杀人，抢劫，放火！”
甚至在经历的小镇抢劫第一次失败之后，想用“避风港”的计谋骗取小镇上的人的信任，再在他们熟睡之时把他们杀死。
“我们像寻找避难港一样找到它。告诉他们我们和海盗遭遇的故事。那些海盗抢走了我们的小艇并掠走了我们的一些海员。我们要让他们相信，我们碰到的正是他们昨晚打跑的那伙人。他们会敞开怀抱欢迎我们、帮助我们。谁能想到我们会趁机偷袭他们呢？或者，如果他们太强大的话，我们就侦察好地形和防御工事，等将来的某个夜晚再杀回去。”
在得知前船员背叛自己告密之后，给他准备最残酷的惩罚。
“有人想要割断那家伙的喉咙，”他说，“或者绑在柱子上烧死，或者活剥了他。但我心肠软，待人宽容。尽管他背信弃义，我对他却没有恶意。我扭断他的大拇指是想逼他说出他心中的秘密。我不能长期把他留在身边。就像我说过的，我对他没有恶意。你们曾见过比这更好的棺材吗？”
海盗船长纯粹的恶，从此之中都是如此。
