慈禧太后在咸丰年间被封为兰贵人和懿嫔时，不可能颁发给她印章，而后来晋封为懿妃和懿贵妃时都要颁给她相应的金宝印。该印银镀金质，龟纽，印面11.8厘米见方，满汉文篆书“懿妃之印”四字，咸丰六年颁发。“懿妃之印”是慈禧太后获得的最早的一枚“身份证”性质的印章。
懿妃之印”宝玺 银制镀金 龟纽 印面11.8厘米见方 故宫博物院藏
慈禧皇太后的谥宝现藏于故宫博物院，这方交龙钮的青玉宝玺是慈禧皇太后死后不久用宫中留存的乾隆时期的“喜”字号玉宝刻制的，供奉在太庙中以为祭祀的对象，也是慈禧皇太后的最后一枚宝玺。27个字(孝钦慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙配天兴圣显皇后之宝)的宝文记录的是慈禧皇太后一生的荣耀，凸现出其非帝非后，亦帝亦后的特殊境遇。
清 「孝钦显皇后」谥宝 青玉质 交龙纽 故宫博物院藏
慈禧皇太后的那种睥睨一切的女主心态在其宝玺的钤用上亦有所反映。最有特点的当为慈禧御书匾额上的用印，一排三方巨玺，分别为“和平仁厚与天地同意”、“慈禧皇太后御笔之宝”和“数点梅花天地心”。
“慈禧皇太后御笔之宝”印玺及印文 檀香木质 交龙纽 通高16.7厘米 印面25.3厘米见方 故宫博物院藏
“数点梅花天地心”印玺及印文 檀香木质 交龙纽 通高13.9厘米 印面19厘米见方 故宫博物院藏
此玺雕刻极为精微细腻，尤其是其中的凤鸟占满印的顶端，似乎将下面的龙和麒麟揽于双翼之下，形成凤上龙下的态势，与当时慈禧皇太后的权势正相呼应。
"慈禧皇太后御览之宝”玺的雕纽 寿山石质 随形雕龙凤瑞兽 汉文篆书 印面10.4厘米见方 通高12厘米
光绪二十六年（1900年）七月二十一日晨，慈禧皇太后在八国联军隆隆的炮声中，仓皇逃离紫禁城，奔往西安。就在慈禧西逃的前一天，即七月二十日，她发出一道朱谕：“光绪二十六年七月二十日谕宁寿宫郎中等：如有首领太监回来搬取金银物件，皆以此宝为凭，特谕。”朱谕上钤盖有慈禧皇太后的一方小玺，玺文为“凤沼恩波”四字。
“凤沼恩波”印玺 青玉质 狮纽 印面3.2厘米见方 故宫博物院藏
在慈禧皇太后的印章中，宫殿玺是其中最重要的组成部分。是一种用岫岩玉制作的大长方形玺，玺文都是在宫殿名之后加“精鉴玺”、“御赏”、“珍赏”、“御笔”等字样，通常是两方成组出现，一方在印文周边刻双龙戏珠图案，另一方则刻飞凤竹叶图案，一龙一凤，正好配成一对。
“储秀宫精鉴玺”印玺 阳文，印文周边刻双龙戏珠 岫岩玉质 交龙纽 印面14.55×6.9厘米
“储秀宫精鉴玺”印玺（阴文，印文周边刻飞凤竹叶） 岫岩玉质 交龙纽 印面14.55×6.9厘米
“储秀宫鉴赏”玺印（阳文，印文周边刻双龙戏珠） 岫岩玉质 交龙纽 印面14.5×6.95厘米
“储秀宫珍赏”玺印（阴文，印文周边刻飞凤竹叶） 岫岩玉质 交龙纽 印面14.55×6.9厘米
