Rprofile 文件位于R安装目录下的library/base/R/Rprofile，没错，是在base包下面。
相当于配置文件的功能，打开之后可以看到预设了很多东西，比如：
.GlobalEnv <- globalenv()
T <- TRUE
F <- FALSE
options(scipen = 0）
options(stringsAsFactors = TRUE)
此外，有两个特殊的函数：.First 和.Last，顾名思义，分别是在R终端启动和结束时运行，默认貌似是没有的（让我想到了构造析构？？）。
因此，用户可以在此文件自定个人偏好、常用函数、预设变量以及一些有趣的东西，接下来展示一些我添加的一些内容。
interactive
展示之前先解释一下interative函数的功能，它可以判断当前R是否处于交互环境，有些功能我们可能只在R交互运行时才会用到，比如欢迎结束语、某些包等等，这时候就可以使用这个函数来判断以决定是否导入这些额外的功能。
这样做在速度和逻辑性上都会有所提升。
启动/结束语
自定义.First 和.Last函数可以实现这个功能：
.First <- function(){
# wellcome
if(interactive())
cat(paste0("Hi ", Sys.info()[["user"]], ", wellcome to R!\n"))
}
以及：
.Last <- function(){
if(interactive())
cat("See you next time!\n")
}
自动加载包
这个功能看起来不错，其实当你进入R时运行search()时，你会发现已经有包已经被加载进来了：
> search()
[1] ".GlobalEnv" "package:stats" "package:graphics"
[4] "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets"
[7] "package:methods" "Autoloads" "package:base"
其实是Rprofile这个文件实现的功能：
local({dp <- Sys.getenv("R_DEFAULT_PACKAGES")
if(identical(dp, "")) ## it fact methods is done first
dp <- c("datasets", "utils", "grDevices", "graphics",
"stats", "methods")
else if(identical(dp, "NULL")) dp <- character(0)
else dp <- strsplit(dp, ",")[[1]]
dp <- sub("[[:blank:]]*([[:alnum:]]+)", "\\1", dp) # strip whitespace
options(defaultPackages = dp)
})
.First.sys <- function()
{
for(pkg in getOption("defaultPackages")) {
res <- require(pkg, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE,
character.only = TRUE)
if(!res)
warning(gettextf('package %s in options("defaultPackages") was not found', sQuote(pkg)),
call. = FALSE, domain = NA)
}
}
可以看出自动加载了"datasets", "utils", "grDevices", "graphics", "stats", "methods"这些包，因此我们往里面加入其他的包名，这样就可以在R启动时自动自动加载了。
但是建议最好不要在原始内容上修改，而是单独写在.First函数里，比如我们想自动加载ggplot2这个包，可以这样做：
.First <- function(){
suppressPackageStartupMessages(require("ggplot2", quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE, character.only = TRUE))
}
另外，有的包只需要在交互使用时才需要载入，比如用于彩色话屏幕输出的colorout包，这时也需要用到interactive函数：
if(interactive())
if(Sys.getenv("TERM") == "xterm-256color")
library("colorout")
colorout安装：
git clone https://github.com/jalvesaq/colorout.git
R CMD INSTALL colorout
但是需要权衡是否真正需要自动载入某些包，因为这意味着启动R需要消耗更多的时间。
自定义函数
自动source自己编写的函数：
source("my_functions.R")
设置镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
其他设置
options(stringsAsFactors = FALSE) # 不自动将string转换为Factor
# options(scipen = 999, digits = 6) # 不用科学计数法显示，保留6位有效数字，这个还是使用默认的吧，有时候还是挺有用的
options(max.print = 99) # 限制最大打印行数，打印99999那么多行干嘛哟！
options("width" = 100) # 设置每行最大显示字符个数，当你屏幕比较大时或许有用
options(continue = " ") # 换行输入时以空格开头，默认是+，当你选择粘贴时非常有用
options(warn = 2, error = recover) # 据说提醒和报错方式更友好，遇到了再看效果把，默认: options(warn=0, error=NULL)
See more: ?options or The options mechanism in R.
汇总
最后把这些代码整合一起，并放到Rprofile文件内容的最后以覆盖前面的预设：
########## my set
.First <- function(){
cat(R.version.string, "\n") # 打印R版本
loadp <- function(...){
pkgs = as.character(substitute(list(...)))[-1]
suppressMessages(for(pkg in pkgs) require(pkg, character.only = TRUE))
}
loadp(colorout) # 可续写
if(interactive()){
cat(paste0("Hi ", Sys.info()[["user"]], ", wellcome to R!\n"))
if(Sys.getenv("TERM") == "xterm-256color")
library("colorout")
}
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
options(stringsAsFactors = FALSE) # 不自动将string转换为Factor
# options(scipen = 999, digits = 6) # 不用科学计数法显示，保留6位有效数字，这个还是使用默认的吧，有时候还是挺有用的
options(max.print = 999) # 限制最大打印行数/项，打印99999那么多行干嘛哟！
# options("width" = 100) # 设置每行最大显示字符个数，当你屏幕比较大时或许有用
options(continue = " ") # 换行输入时以空格开头，默认是+，当你选择粘贴时非常有用
# options(warn = 2) # 据说提醒方式更友好，遇到了再看效果把，默认: options(warn=0, error=NULL)。更：千万别这样设，不痛不痒的warning 也会转成 error，wdnmd
# source and library
source("~/.yyds")
library("yyds")
}
.Last <- function(){
if(interactive())
cat("See you next time!\n")
}
##########
上面有个loadp函数也赠送给大家，可以同时载入多个包，包名可以不加引号，功能类似某包的一个函数：
loadp(ggplot2, reshape2, GenomicRanges)
如果以后还有更多有趣的东西再补充~
