一 功能开发
之前已经在推文介绍了如何使用Aligment功能（《Multi-omics Hammer软件之Aligment功能介绍》）。但是，发现这一功能的使用仍有许多局限性。恰巧最近有小伙伴提出希望通过指定基因集筛选WGCNA生成的Cytoscape可视化数据。正好今天不是那么忙，就将这个功能开发出来，作为Aligment功能的扩展（这一功能在Multi-omics Hammer v1.02中，github地址为：https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer）。
二 软件调用
想要使用这个功能，需要先打开Multi-omics Hammer 工具的‘Aligment’选项，选择其中Aligment菜单，如图1所示。
随后，即可看见Aligment对话框了（图2）。这一对话框每行的意义将在下面逐一介绍。
第1行：选择Cytoscape_alig_plugin方法。
第2行：用于筛选的Cytoscape可视化数据。
第3行：用于筛选的特征列索引（如包含多列索引，索引间隔为“；”）。
第4行：分割Cytoscape可视化数据中每一列的分隔符。
第5行：指定基因集。
第6行：默认为0（不用管他）。
第7行：分割基因集数据中每一列的分隔符（不用管他）。
第8行：预览输出结果。
第9行：输出结果的文件。
除此之外，还包括是否保存（is save），简单比对（simple alig?）和比对（alig）和加载示例数据（load test）四个选项。
注意：用户可以将文件拖进背景文件和查询文件这两个对话框。拖入后，这两个对话框会直接读取文件的内容，并展示前100行的数据。但是如果复选框勾选了‘simple alig?’选项，则运算时只会读取对话框中的数据，而不是原始文件（如果原始文件大于100行，则会导致结果缺失），复选框如果不勾选“is save”选项，结果则不会保存到文件中。
为了方便用户了解这一功能，本工具也提供了示例文件，通过点击图3方框3的‘load test’选项即可加载示例数据，如方框4和方框5均为加载示例文件的数据。随后，点击‘alig’按钮即可得出结果。
其中，本示例数据中查询基因为a，而Cytoscape可视化数据中第一行的第一列和第二行的第二列均包含该元素，因此结果中包含符合条件的前两列，如图三的方框7和方框8所示。
因为图中所示数据无法全部展示，现将Cytoscape可视化数据、基因集和结果依次在下文中展示出来。
Cytoscape可视化数据为：
基因集数据为：
结果为：
三 惯例小节
通过上述步骤，即可快速完成指定基因集筛选WGCNA生成的Cytoscape可视化数据。但是，如果数据集过于放大，建议读者先取子集进行测试，测试无问题后，再用大数据集进行筛选。另外，因为数据集太大，筛选过程中程序出现无响应，可以不用管它，待运行完即可（话说，是不是应该开发一个进度条来显示完成任务的百分比呀？）。如果读者觉得还有什么功能需要实现，也可直接通过公众号留言。最后，欢迎大家多用Multi-omics Hammer软件，多提宝贵建议。如果无法通过github下载，可以给本公众号留言（邮箱），本公众号会及时回复。也欢迎大家多关注公众号（见个人介绍）。
软件下载地址：
https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer
