使用 coitrees 的方法
- 构建
COITree
你可以使用 COITree::new 方法来创建一个新的 COITree。首先，你需要准备一个包含 Interval 的向量：
let intervals: Vec<Interval<()>> = vec![
Interval::new(start1, end1, ()),
Interval::new(start2, end2, ()),
// 更多区间...
];
let tree = COITree::new(&intervals);
- 查询重叠区间
使用 query 方法来查找与指定区间重叠的区间：
let overlaps = tree.query(first, last, |interval| {
// 处理重叠的 interval
});
或者使用 `query_count` 方法来获取重叠区间的数量：
let count = tree.query_count(first, last);
- 计算覆盖
可以使用 `coverage` 方法来计算指定区间的覆盖情况：
let (count, coverage) = tree.coverage(first, last);
- 使用
COITreeSortedQuerent
如果你有多个查询且它们是有序的，使用 COITreeSortedQuerent 可以提高查询性能：
let mut querent = COITreeSortedQuerent::new(&tree);
querent.query(first, last, |interval| {
// 处理重叠的 interval
});
示例代码
以下是一个完整的示例，展示了如何使用 coitrees：
use coitrees::{COITree, Interval};
// 创建区间
let intervals = vec![
Interval::new(10, 20, ()),
Interval::new(15, 25, ()),
Interval::new(30, 40, ()),
];
// 构建 COITree
let tree = COITree::new(&intervals);
// 查询重叠区间
let first = 18;
let last = 22;
let count = tree.query_count(first, last);
println!("重叠区间数量: {}", count);
// 计算覆盖
let (count, coverage) = tree.coverage(first, last);
println!("覆盖数量: {}, 覆盖长度: {}", count, coverage);
总结
- 构建树：使用
COITree::new。 - 查询重叠：使用
query和query_count方法。 - 计算覆盖：使用
coverage方法。 - 加速查询：使用
COITreeSortedQuerent处理有序查询。
另一个实际例子
use std::fs::File;
use std::io::{BufReader, Read};
use fnv::FnvHashMap;
use some_coitree_library::{COITree, Interval}; // 替换为实际库名
use some_error_handling_library::GenericError; // 替换为实际库名
// 假设 parse_bed_line 函数已定义
fn parse_bed_line(line: &[u8]) -> (&str, u32, u32) {
let parts: Vec<&str> = line.split_whitespace().collect();
(parts[0], parts[1].parse().unwrap(), parts[2].parse().unwrap())
}
// 查询重叠的示例
fn query_bed_files(filename_a: &str) -> Result<(), GenericError> {
let tree = read_bed_file(filename_a)?;
// 要查询的区间
let query_seqname = "chr1";
let query_start = 2;
let query_end = 30;
// 检查该染色体是否存在
if let Some(seqname_tree) = tree.get(query_seqname) {
let count = seqname_tree.query_count(query_start, query_end);
println!("在 {} 中，区间 [{} - {}] 的重叠数为: {}", query_seqname, query_start, query_end, count);
} else {
println!("未找到染色体: {}", query_seqname);
}
Ok(())
}
// 读取 BED 文件并构建 COITree
fn read_bed_file(path: &str) -> Result<FnvHashMap<String, COITree<(), u32>>, GenericError> {
let mut nodes = IntervalHashMap::default();
let file = File::open(path)?;
let mut rdr = BufReader::new(file);
let mut line = Vec::new();
while rdr.read_until(b'\n', &mut line).unwrap() > 0 {
let (seqname, first, last) = parse_bed_line(&line);
let node_arr = nodes.entry(seqname.to_string()).or_insert(Vec::new());
node_arr.push(Interval::new(first, last, ()));
line.clear();
}
let mut trees = FnvHashMap::<String, COITree<(), u32>>::default();
for (seqname, seqname_nodes) in nodes {
trees.insert(seqname, COITree::new(&seqname_nodes)); // 使用 COITree
}
Ok(trees)
}
