本周最新文献速递20220306
一、精细解读文献 一
文献题目： Genome-wide analysis provides genetic evidence that ACE2 influences COVID-19 risk and yields risk scores associated with severe disease
不想看英文题目： 全基因组分析表明 ACE2 与 COVID-19 严重疾病风险相关
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
研究意义： 探究影响 COVID-19 的遗传因素
结论：
- 对来自 GHS、PMBB、UKB 和 AncestryDNA 四个队列、5 个祖先群体的 52,630 名 COVID-19 个体和 704,016 名健康对照进行了全基因组关联研究 (GWAS)，在七种风险/严重程度表型中，发现一个新的变异位点 rs190509934:C（MAF = 0.3%, OR = 0.60, 95% CI = 0.52–0.69, P = 4.5 × 10-13 ）与 COVID-19 风险相关；
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- 利用 RNA 测序 (RNA-seq) 数据发现 rs190509934:C 可降低 ACE2 的表达水平；
- 与非携带者相比，rs190509934:C 可减少 37% 的 ACE2 表达水平；
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- 在前人发现的 8 个独立信号中，有 6 个位点在本次研究被重复出来（p < 0.0012）；
- 这 6 个位点中，其中 MHC 变异与哮喘和 2 型糖尿病（T2D）相关，ABO 变异与肾脏疾病和 T2D 相关；
- 对哮喘、T2D 和肾脏疾病进行校正后，MHC 与 ABO 变异仍与 COVID-19 显著相关，说明哮喘、 T2D 和肾脏疾病不是导致 MHC 与 ABO 变异 与 COVID-19 显著相关的原因；
- 在 6 个位点中，4 个（LZTFL1、MHC、DPP9 和 IFNAR2）与 COVID-19 个体的较差结局（比如呼吸衰竭和死亡）显着相关（ P < 0.05），而 ABO 和 SLC6A20与 COVID-19 严重程度无关；
- 对感染 SARS-CoV-2 的个体进行加权遗传风险评分 (GRS)，发现在欧洲个体中，高 GRS（前 10%）的个体住院风险和严重疾病风险分别增加 1.38 倍（95% CI = 1.26–1.53，P = 6 × 10-11）和 1.58 倍（95% CI = 1.36-1.82，P = 7 × 10-10）。在其他血统中，高 GRS 则增加住院风险；
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- 对临床危险因素分层分析后，发现高 GRS（前 10%）个体仍与严重疾病风险相关，说明 GRS 具有识别发展成严重疾病风险的 COVID-19 病例的潜在能力。
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- 基于此，作者对所有风险因子（包括遗传的 GRS 和非遗传因素）进行严重疾病风险预测，结果发现在非遗传因子的模型中加入 GRS 信息可提高严重疾病风险的预测能力，在AncestryDNA 和 UKB 两个队列中，其预测能力分别提高了 0.8% 和 0.5%；
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亮点： GRS 的分层分析做的很细致，可以学习下；
局限： 如果不是样本珍贵，这篇文章挺难发 NG 的，很多 post-GWAS 的工作都没做。而且对于新发现的位点也没有进行重复验证；
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-01006-7
公开的资料：
二、精细解读文献 二
文献题目： Landscape of adenosine-to-inosine RNA recoding across human tissues
不想看英文题目： 跨人体组织的腺苷到肌苷 RNA 重编辑图谱
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
研究意义： 腺苷到肌苷 (A-to-I) 的 RNA 编辑由 ADAR（作用于 RNA 的腺苷脱氨酶）酶家族催化，是动物中最常见的 RNA 编辑形式。 RNA 编辑可改变 mRNA 的编码信息。对蛋白质编码序列进行重编辑可引入新的、功能不同的蛋白质异构体、产生多样性的蛋白质组。近几十年来，一些重编辑位点的功能重要性一直受到人们的重视。然而，没有有效的方法检测这些位点。因此，作者提出了一种新的检测方法。通过检测 GTEx 的 9125 个 RNA-seq 样本的重编辑水平，生成人体不同组织编辑水平高精度图谱。
结论：
- 针对人类编码区域重编辑（CDS A-to-I RNA）位点的检测，作者开发了如下的流程：
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- 通过该流程，总共产生了 1517 个人类 CDS A-to-I RNA 位点；
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- CDS A-to-I RNA 位点倾向于富集在 ADARs 5' 和 3' 区域。此外，在反义链上观察到大量的 T-to-C 位点（1006 个），利用链特异性 RNA-seq 数据集证明 T-to-C 信号是通过反义链转录的 A-to-I 编辑位点互补得到的；
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- 另外研究发现不同组织的编辑水平存存在差异。比如动脉、结肠和食道的编辑程度远高于大脑；
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- 为了进一步验证前面发现的 1517 个 A-to-G ，作者使用了另外三个链特异性 RNA-seq 数据集进行重复验证。在 1517 个 A-to-G 位点中，948 个位点在至少一个验证集中发生了编辑（FDR < 0.05 ）；
- 前人研究发现基因组非编码区的编辑位点呈聚集状态。在本研究中，同样观察到编码区的编辑位点是聚在一起的；
- 作者推测产生聚集可能是因为存在编辑互补序列 (ECS)，该序列可与 CDS 区域的 A-to-G 编辑位点互补。例如，在 cldn9 (Claudin 9) 的 CDS 区域存在一只含有 19 个编辑位点的编辑簇，并且在 cldn9 (Claudin 9) 的下游 1741 bp 处发现了一个 ECS，该 ECS 上的 T-to-C 位点正好与 cldn9 (Claudin 9) CDS 区域的 A-to-G 编辑位点互补；
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- 对重编码位点的进化过程进行分析，发现大部分编辑位点在物种间是保守的，只有 17 个位点是人类特异性的。且保守位点的比例随着编辑水平的增加而增加。
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- 对人类与其他哺乳动物的编辑位点进行比较，发现单个突变和物种特异性 dsRNA 结构可以导致新的编辑位点产生。例如，ASNS 基因外显子和内含子可形成 50 bp 长的 dsRNA，这种结构在大多数灵长类动物中是保守的。但当 ASNS 内含子发生 G 到 A 突变后，内含子 A 会被编辑，与此同时，有四个新的编辑位点出现在外显子 C 附近；
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亮点： 在人类组织水平鉴定了多个 RNA 编辑位点，并探究编辑位点产生的潜在机制，以及编辑位点的适应性进化；
局限： 第一，题目起得太大，看题目我以为是检测所有位点，仔细阅读下来发现只是检测编码区的编辑位点；第二，对于检测到的 1517 个编辑位点，有多少个是具有生物学意义的？如果大多数都是噪音，那么一万个跟一百个又有什么区别？第三，等我想到了再补充。
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28841-4
公开的资料：
代码：https://github.com/a2iediting/deNovo-Detect
三、其他文献推荐
下面的文献也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主时间有限，没法精细解读，故列出来供各位参阅；
当然，你们有精彩的文献想让我解读的（前提是一周内刚出炉的文献），可给我发pdf（然而可能种种原因，我不一定有时间解读，不要对我抱太高期待）；
文献题目： Ancient DNA and deep population structure in sub-Saharan African foragers
不想看英文题目： 撒哈拉以南非洲觅食者的古代 DNA 和群体结构
杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04430-9
文献题目： A single-cell atlas of the normal and malformed human brain vasculature
不想看英文题目： 正常和畸形人脑血管的单细胞图谱
杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章链接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abi7377
文献题目： Fly Cell Atlas: A single-nucleus transcriptomic atlas of the adult fruit fly
不想看英文题目： 果蝇细胞图谱：成年果蝇的单核转录组图谱
杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章链接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abk2432
文献题目： Local hyperthermia therapy induces browning of white fat and treats obesity
不想看英文题目： 局部热疗诱导白色脂肪褐变并治疗肥胖
杂志和影响因子： Cell (IF: 38.637; Q1)
文章链接：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00144-1
文献题目： Chromosome-scale and haplotype-resolved genome assembly of a tetraploid potato cultivar
不想看英文题目： 四倍体马铃薯的染色体规模和单倍型分辨率下的基因组组装
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01015-0
文献题目： Transcriptional kinetics and molecular functions of long noncoding RNAs
不想看英文题目： 长链非编码 RNA 的转录动力学和分子功能
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01014-1
文献题目： Associations between alcohol consumption and gray and white matter volumes in the UK Biobank
不想看英文题目： 英国生物银行中酒精消费与灰质和白质体积之间的关联
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28735-5
文献题目： Whole-genome sequencing of 1,171 elderly admixed individuals from São Paulo, Brazil
不想看英文题目： 巴西圣保罗 1,171 名老年人混合个体的全基因组测序
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28648-3
文献题目： Modeling assortative mating and genetic similarities between partners, siblings, and in-laws
不想看英文题目： 伴侣、兄弟姐妹和姻亲之间的同质性婚配和遗传相似性研究
Assortative mating: 同质性婚配，又称选型交配，指倾向于选择与自己接近的配偶进行繁殖，在人类身上表现为性格，年龄，教育等等；
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28774-y
文献题目： Towards accurate and reliable resolution of structural variants for clinical diagnosis
不想看英文题目： 准确可靠地检测结构变异并用于临床诊断（review哦）
杂志和影响因子： Genome Biol (IF: 10.81; Q1)
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35241127/
四、工具或资源类介绍
文献题目： Robust Mendelian randomization in the presence of residual population stratification, batch effects and horizontal pleiotropy
不想看英文题目： MR-SENSEMAKR：存在群体分层、批次效应和水平多效性情况下的孟德尔随机化分析
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28553-9
文献题目： TADA—a machine learning tool for functional annotation-based prioritisation of pathogenic CNVs
不想看英文题目： TADA——基于致病性 CNV 优先排序的机器学习工具
杂志和影响因子： Genome Biol (IF: 10.81; Q1)
文章链接：
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-022-02631-z
文献题目： TransposonUltimate: software for transposon classification, annotation and detection
不想看英文题目： TransposonUltimate：转座子分类、注释和检测软件
杂志和影响因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac136/6541023
文献题目： Summarizing internal dynamics boosts differential analysis and functional interpretation of super enhancers
不想看英文题目： 内部动力学促进了超级增强子的差异分析和功能解释
杂志和影响因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac141/6541024
文献题目： GREEN-DB: a framework for the annotation and prioritization of non-coding regulatory variants from whole-genome sequencing data
不想看英文题目： GREEN-DB：全基因组测序数据中非编码调控变异位点的注释和优先排序框架
杂志和影响因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac130/6541021
文献题目： COVID-19 Spread Mapper: A multi-resolution, unified framework and open-source tool
不想看英文题目： COVID-19 Spread Mapper：多分辨率、统一框架和开源工具
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
文献题目： HAMdetector: A Bayesian regression model that integrates information to detect HLA-associated mutations
不想看英文题目： HAMdetector：检测 HLA 相关突变的贝叶斯回归模型
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
文献题目： MultiBaC: An R package to remove batch effects in multi-omic experiments
不想看英文题目： MultiBaC：在多组学中消除批次效应的 R 包
杂志和影响因子： Brief Bioinform (IF: 11.62; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac132/6541627
致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
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