snpEff各个版本下载地址:
https://sourceforge.net/projects/snpeff/files/
1 下载和安装:
Download latest version
wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip
# Unzip file
unzip snpEff_latest_core.zip
2 下载注释所需的数据库文件:
有两种方法,一种是使用命令下载,一种是手动下载放进文件夹
以人为例:
java -jar snpEff.jar download GRCh38.76
在你解压的软件文件夹内会有一个data的子文件夹,数据库下载在这里。
手动下载要注意的是,确保数据库版本与SnpEff版本匹配(例如,不要使用包含SnpEff 3.0的2.1数据库)。
数据库下载地址,根据你的物种下载就行。这个方法一个个查看你的物种很麻烦,可以看第三步。
https://sourceforge.net/projects/snpeff/files/databases/
3 有超过20,000个数据库可用
snpEff中snpEff.config file.提供了数据库列表
可以使用这个命令看看所支持的数据库列表
java -jar snpEff.jar databases > snpEff.databases.list.txt
可支持的数据库list会保存下来,可以从这个txt文件查看,里面还有相应的物种数据库下载地址。