SAM/BAM(SAM文件的二进制存储形式,节省空间)文件列名解释说明

A00265:483:HGYJHDSXY:4:1101:10004:16188 77      *       0       0       *       *       0       0
A00265:483:HGYJHDSXY:4:1101:10068:10473 141     *       0       0       *       *       0       0

这是一个SAM格式的文件,每一列的含义如下:
1.A00265:483:HGYJHDSXY:4:1101:10004:16188:这是序列的ID,通常包含了测序机的信息、测序的run信息、样本的信息等。

  1. 77:这是FLAG字段,表示这个read的一些属性。77的二进制是1001101,表示这个read是配对的,但是没有比对到参考序列,而且它的配对read也没有比对到参考序列。141的二进制表示是10001101,所以这个read的属性包括:read是配对的; read没有比对到参考序列; read的配对read没有比对到参考序列; read是第二条read(在paired-end测序中)
    FLAG字段,是一个二进制数,用来表示read的一些属性; 每一位的含义如下:
1:read是配对的
2:read在配对中
4:read没有比对到参考序列
8:read的配对read没有比对到参考序列
16:read比对到参考序列的反链
32:read的配对read比对到参考序列的反链
64:read是第一条read(在paired-end测序中)
128:read是第二条read(在paired-end测序中)
256:read不是主要的比对结果
512:read没有通过质量控制
1024:read是PCR或克隆的重复
  1. *:这是参考序列的名字,*表示这个read没有比对到任何参考序列。

  2. 0:这是read比对到参考序列的位置,0表示这个read没有比对到任何参考序列。

  3. 0:这是MAPQ字段,表示比对的质量,0表示这个read没有比对到任何参考序列。

  4. *:这是CIGAR字符串,描述了read如何比对到参考序列。*表示这个read没有比对到任何参考序列。

  5. *:这是配对read比对到的参考序列的名字,*表示配对的read没有比对到任何参考序列。

  6. 0:这是配对read比对到的参考序列的位置,0表示配对的read没有比对到任何参考序列。

  7. 0:这是插入片段的长度,0表示没有插入片段。

  8. *:这是read的序列,*表示read的序列没有给出。

总的来说,示例中的read和它的配对read都没有比对到任何参考序列。

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