其中有这样两件大案，震惊朝野上下，影响巨大。
其一，就是顺治十四年的丁酉（1657年）科场案。
首先案发的是北闱（顺天府北京地区）科场案。因为，考试官李振邺、张我朴等公开贪赃受贿，京官三品以上的子弟无一不取，但也有人花了银两却没有考上，于是投状叫冤。顺治帝于十月二十七日下旨，将李振邺、张我朴、蔡元禧、陆贻吉、项绍芬，举人田耜、邬作霖等全部斩首，家产充公，家人也被流放到尚阳堡（如今辽宁开原县东四十里，清代三大流放所之一）地方。
十一月十二日，顺治皇帝又下旨：“今年顺天乡试，发榜之后，物议沸腾，同考官李振邺等，中试举人田耜等，贿赂关节，已经审实正法，其余中试各卷，岂皆文理平通，尽无情弊？”他要求所有考中的举人，都送到京城，由他亲自复试，复试的时间和题目，全有顺治帝钦定。
顺治十五年正月十七日，在紫禁城太和门复试，士子们在八旗亲兵的押送下进入考场，由皇帝亲自考试。二十五日宣布结束，革去苏洪浚等八人的举人，米汉雯等182名仍准会试。四月二十三日，顺治帝在太和门亲审其余各犯，把应该处死的25人痛加申斥后，俱从宽免死，各责40大板，留徙尚阳堡。顺治帝还特意强调：“自今以后，凡考官士子，须当恪遵功令，痛改积习，持廉秉公……如再有犯此等罪者，必不姑宥。”
不料事隔半年，给事中阴节又上本参奏江南主考官方犹科场舞弊，致使物议沸腾。顺治帝处置北闱乡试科场案怒气还未消去，听到这件事后，更是火上浇油，怒不可遏。立刻传旨申斥方犹等主考官“经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶。”并把各考官革职，下令派总督郎廷佐清查此案。
原来丁酉科江南乡试，正主考是翰林院侍讲方犹，副主考是翰林院检讨钱开宗。放榜后，虽然得中的多江南名士，但中式的举子中，也有不少是贿赂考官而中的。因而两江的试议哗然。落第的士子们聚集在贡院门前，有人还贴了一副对子：“孔方主试付钱神（指方犹和钱开宗），题义先分富与贫（科题取《论语》中的“贫而无谄”一词）。”并且将门上“贡院”两个大字的“贡”字中间加了一个“四”字，改成“卖”字。“院”字用纸贴去“阝”旁，变成“完”字，“贡院”变成了“卖完”。
其时，江南书坊店里还刻了一部传奇，叫《万金记》，以“方”字去一点为“万”，“钱”字去“金”，指的就是两位主考官。
长洲尤西堂（侗），又作了一部传奇，名《钧天乐》，也是讲考试行贿买通关节之事。《钧天乐》这本书一直流传到京师，闹得满城风雨。
顺治十五年二月庚戌，顺治帝在中南海瀛台，亲试该科江南中式的正副榜举子。和上次亲试情势差不多，每个举人都身带刑具，由护军营的军士提刀监视，戒备森严。这次是吴珂敏名列第一，当了解元。他的文章写得确实不错，其中“不为朝廷不甚爱惜之官，亦不受乡党无足轻重之誉”句，一时为世人所传诵，都说他有宰相风度。顺治帝对吴珂敏大加赞赏，特赐他进士及第。
亲试结束，24人罚停会试，14人革去举人，74人参加会试。
此案牵连之广，影响之大，在清代历史上实属罕见。
还有一案是发生在咸丰八年，也就是1858年戊午科顺天府乡试案，这件科场案是由顺天府监考官内讧引起的。
谣言说贡院中出现了不祥的大头鬼，一时闹得人心惶惶。发榜后又有人告发，在中式前10名中，有位旗下大爷平龄，因为喜好唱戏，曾经登台演出，所以，京师议论喧哗，谓优伶亦得中高魁矣。因而御史孟传金上书弹劾此事，这样，事情就越闹越大了。
顺天府乡试的考场没有在京师的贡院。主考官是军机大臣、内阁大学士柏葰，副考官为户部尚书朱凤标，左都御史程庭桂等。
咸丰皇帝于是派怡亲王载垣、郑亲王端华、史部尚书陈孚恩等查办这件案子。凡是有牵连的考官均先解职听候查办。
这些查办的大员们，与柏葰不相能，欲藉此事兴大狱以树威。陈孚恩先找到监考的副都御史程庭桂，拐弯抹角地提到了科场的情况。程庭桂是个老实人，以为陈孚恩是无意间提到科场开后门递条子的事，就老实说，这也不足为怪，光我收到的条子就不下100条。于是陈孚恩借去查看，就将条子全部拿走了。
陈孚恩查的结果，发现程庭桂的次子程秀，陈孚恩自己的儿子陈景彦又都牵连在内。陈孚恩他自己有后台，掩饰过去。而其他人等“因此案情节甚多，非革职逮问，不能彻究。”于是，柏葰和朱凤标、程庭桂都被革职下狱了。
其实，此事柏葰本人并不大知情，也没有纳贿的实迹，“若仅失察之罪，不过褫职而止”，问题在于柏葰“自登枢府”就与宗室权臣爱新觉罗.肃顺一党不甚和，因而此案中夹有私仇。虽然咸丰皇帝也觉得柏葰老成宿望，有矜全之意，但爱新觉罗.肃顺等力言“取士大典，关系至重，亟宜执法，以惩积习。”
这样一来，咸丰帝虽心犹不忍，但也没有办法。
咸丰九年二月，下谕：“情虽可原，法难宽宥，言念及此，不禁垂泪！”于是，柏葰和同考官蒲安、中式举人平龄、罗鸿泽、主事李鹤龄、程庭桂的长子程炳采等共7人，被绑到菜市口，开刀问斩。程庭桂发往军台效力，朱凤标被革职，其余株连被褫、革、降、调的有数十人。
清代因科举案处死军机大臣兼大学士的，这是大清帝国开国以来第一次。
由以上科场二案，可见清朝科举之腐败，官场之污浊。
