达尔文理论包括5部分：进化，共同祖先，渐变，物种增多，自然选择。自然选择是核心，是基础，而且原创。与自然选择对应，有个达尔文祖父辈的拉马克提出用进废退、后天（器官）遗传的理论，达尔文还试图包容进去，但是长颈鹿的脖子可能算用进废退，但有生物学家连割22代老鼠的尾巴，也没见老鼠尾巴变短，否定了后天遗传。
什么是自然选择？达尔文在物种起源中说，保留有利的变异、淘汰有害的变异，这就是自然选择。他默认了一个前提：变异是无所不在和层出不穷的，而自然只是一把淘汰的剪刀，把不合适的个体剪掉。斯宾塞的“适者生存”的总结其实是有误导性的，有利的变异不光是生存，还趋向于繁衍—因为自然界并没有个体活得越久越好的这样一个观察结论。
然而，“选择”两个字也沾染了“目的论”的色彩。达尔文的本意，即自然选择的含义是没有任何计划目的也没有任何方向，进化是偶然的，基因突变也是偶然的，环境变化也是偶然的，—环境没有对基因突变的影响力。环境的变化和基因的突变是各行其是的，并没有一个机制导致北极熊的皮毛必然是选择白色的，物种的适应有多种方式、并不限于某一种。毕竟现实的情况是地球上存在过的物种99.9%已经灭绝。一个生物学家洛伦兹曾经比方，他驾车去远方做演讲，但是车子能行驶和旅行的目的并没有任何因果关系，而人类倾向于把它们连接起来。
那么自然选择的对象是什么？有三种解答：基因、个体和群体。基因和个体理论都是有局限性的，因为它们都有变异性，你说选择谁呢？谁都不是一个可识别区分的稳定单位。而群体选择理论因为要解释利他行为受到了基因和个体论者的一致反对。
进化是偶然的。近现代以来以物理学为核心的现代科学的发展倾向于可预测性这一特点，但是达尔文说在生物学领域，我们无法预测，只能事后解释。社会和历史也是无法预测的，作者引用了熊彼特和卡尔·波普的言论。
自然选择其实就是对环境、对自然的适应，而在人类社会的市场经济领域也有类似的情况，就是所谓市场选择的“无形的手”。
