import os,re,sys
infile=file("test.fq.txt")
def qual_stat(qstr):
q20 = 0
q30 = 0
for q in qstr:
qual = ord(q) - 33# ord 返回对应的ASCII数值
if qual >= 30:
q30 += 1
q20 += 1
elif qual >= 20:
q20 += 1
return q20, q30
arr=[]
for line in infile:
line=line.strip()
arr.append(line)
j=0
a,g,c,t,n,dna=0,0,0,0,0,0
total_count = 0
q20_count = 0
q30_count = 0
for i in range(len(arr)):
if arr[i].startswith("@"):
j+=1
#dna+=arr[i+1].count("A")+arr[i+1].count("G")+arr[i+1].count("C")+arr[i+1].count("T")
dna+=len(arr[i+1])
a+=arr[i+1].count("A")
g+=arr[i+1].count("G")
c+=arr[i+1].count("C")
t+=arr[i+1].count("T")
n+=arr[i+1].count("N")
#total_count += len(arr[i+3])
q20, q30 = qual_stat(arr[i+3])
#q20_count += q20
q30_count += q30
ap=float(a)*100/float(dna)
gp=float(g)*100/float(dna)
cp=float(c)*100/float(dna)
tp=float(t)*100/float(dna)
np=float(n)*100/float(dna)
q30=float(q30_count)*100/float(dna)
print "Total Reads:",j
print "Total Bases:",dna
print "Q30 Bases:",q30_count
print "q30 percents:",("%.2f" % q30)+"%"
print "A:",a,("%.2f" % ap)+"%"
print "G:",g,("%.2f" % gp)+"%"
print "C:",c,("%.2f" % cp)+"%"
print "T:",t,("%.2f" % tp)+"%"
print "N:",n,("%.2f" % np)+"%"
统计fastaq信息，包括Q30、碱基含量信息
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