分析结果可视化是数据分析比较重要的一步。R绘图方法有多种，包括内置基础绘图系统、ggpubr包绘图，ggplot2绘图，lattice绘图等。关于R基础绘图、ggplot2绘图语法基本介绍。
R base graphic
R 基础绘图，需要在给定函数中一次性设定主要参数，而不能像ggplot的图形语法通过其他函数增加图层。
plot(
x = iris$Sepal.Length, y = iris$Sepal.Width,
pch = 19, cex = 0.8, frame = FALSE,
xlab = "Sepal Length",ylab = "Sepal Width"
)
scatter plot using R base plot
R base graphs
主要参数设置
- pch：改变点形状。 允许值包括1到25之间的数字。
- cex：改变点大小。 示例：cex = 0.8。
- col：改变点颜色。 示例：col =“blue”。
- frame：逻辑值。 frame = FALSE删除绘图面板边框。
- main，xlab，ylab。 分别指定主标题和x / y轴标签
- las：对于垂直x轴文本，使用las = 2。
R 绘图尺寸
重点在于理解英寸、分辨率、像素间的关系。
理解下面两种保存图片方法，他们的像素大小一致，但是分辨率和图片尺寸不同。
ggsave(filename = "foo300.png", ggplot(mtcars, aes(x=wt, y=mpg)) +
geom_point(size=2, shape=23) + theme_bw(base_size = 10),
width = 5, height = 4, dpi = 300, units = "in", device='png')
ggsave(filename = "foo150.png", ggplot(mtcars, aes(x=wt, y=mpg)) +
geom_point(size=2, shape=23) + theme_bw(base_size = 10),
width = 10, height = 8, dpi = 150, units = "in", device='png')
ggplot2 图形语法
ggplot2由Hadley Wickham开发，ggplot2中的gg表示图形语法。根据ggplot2概念，绘图可以分为不同的基本部分：Plot = data + Aesthetics + Geometry,及其他常见参数。通过“+”组合不同命令。
- data：数据框
- Aesthetics ：用于表示x和y变量。它还可以用来控制点的颜色，大小和形状等......
- geometry：对应于图形类型（直方图，箱形图，线图，......）
- stats，统计变换，stat="identity",不作统计变换
- scale，标度
- coord，坐标系
- facet，分面
ggplot2 主要函数
ggplot2 箱线图比较分组p值
## Rstudio 中更新R版本
install.packages("installr")
library(installr)
updateR()
install.packages("ggplot2")
install.packages("ggpubr")
library(ggplot2)
library(ggpubr)
data("iris")
summary(iris)
# Groups that we want to compare
my_comparisons <- list(
c("setosa", "versicolor"), c("versicolor", "virginica"),
c("setosa", "virginica")
)
## x/y参数指数据集的变量名，而不是字符串
ggplot(iris,aes(x = Species, y = Sepal.Length))+
geom_boxplot(aes(fill=Species))+
scale_fill_manual(values = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))+
stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, method = "t.test")+
theme_classic()
ggplot2 箱线图并比较P值
参考
ggplot2绘图学习-箱线图和小提琴图
ggplot2 pdf manual
R语言之可视化⑤R图形系统
R语言之可视化⑥R图形系统续
