Multi-omics Hammer软件之进化树节点名的批量修改

今天的推文主要想介绍了一下如何使用Multi-omicsHammer软件的Genome_relate工具箱的ptree_rename功能,批量修改进化树节点的名称。

一 功能开发

进化树构建,相信许多人都不会陌生。这一功能是用于帮助人们了解同源基因的亲缘程度,方便科研人员根据已知基因的功能来确定未知基因的功能。但是,建树之后常常会面临需要修改进化树节点名称的需求。当然,如果只有一个节点名称需要修改,直接在nwk文件中进行查找替换即可。但是如果有几十个节点名需要修改,那该如何实现呢?这就要提到今天所介绍的Multi-omics Hammer软件的ptree_rename小工具啦。这一工具开发的初衷就是用于批量修改进化树节点名称。那么,下面就介绍一下如何使用吧。

二 软件调用

那么,首先通过“Daily work -> Genome_relate”选项弹出对话框,选择其中‘ptree_rename’选项。


图1

随后,将树文件拖入到对应的文本选择框中。如本图2所示,T4_1_3.nwk即为需要修改的树文件(本示例的需求是将树文件中LITCHI开头的节点名批量修改为以LcWRKY为开头的节点名)。


图2

既然需要修改节点名,那么你需要准备一个节点名更改的文件(如图3所示)。这一文件仅包含两列内容,一列为你需要修改的树节点,第二列为修改的名称。需要注意的是,原始节点名和修改节点名需要按行一一对应。随后,将该文件拖入检索文件文本框。


图3

接下来,将指定的用于保存结果的文件拖入‘Output file’文件文本框,并勾选‘is save’复选框。最后,点击‘process’(图4方框2)。接下来,就会输出修改后的nwk文件,再将该文件导入到MEGA中即可进行进化树绘制。另外,本软件的结果预览部分还会显示该节点是否能够被修改,如图4方框3所示,第三列的T和F则分别表明原始nwk文件中是否包含该节点(如果包含,则节点名会被修改)。

注意;输出的树文件仅包含建树的相关信息,不包含图4方框3的第一列信息。


图4

当然,如何构建进化树,大家可以详见下面的推文,在此就不多赘述了(可见之前的推文或对应公众号)。

三 惯例小结

建树已经成为现在生物文章中必不可少的基本环节了。构建一个好看的进化树已经成为许多文章的标配了。相信通过本公众号,大家可以了解一些简单的建树流程,从而能够帮助大家多发SCI。如果读者觉得还有什么功能需要实现,也可直接通过公众号留言。最后的最后,欢迎大家多用Multi-omics Hammer软件,多提宝贵建议。也欢迎大家多关注公众号(见个人介绍)。

软件下载地址:

https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer



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