今天的推文主要想介绍了一下如何使用Multi-omicsHammer软件的Genome_relate工具箱的ptree_rename功能，批量修改进化树节点的名称。
一 功能开发
进化树构建，相信许多人都不会陌生。这一功能是用于帮助人们了解同源基因的亲缘程度，方便科研人员根据已知基因的功能来确定未知基因的功能。但是，建树之后常常会面临需要修改进化树节点名称的需求。当然，如果只有一个节点名称需要修改，直接在nwk文件中进行查找替换即可。但是如果有几十个节点名需要修改，那该如何实现呢？这就要提到今天所介绍的Multi-omics Hammer软件的ptree_rename小工具啦。这一工具开发的初衷就是用于批量修改进化树节点名称。那么，下面就介绍一下如何使用吧。
二 软件调用
那么，首先通过“Daily work -> Genome_relate”选项弹出对话框，选择其中‘ptree_rename’选项。
随后，将树文件拖入到对应的文本选择框中。如本图2所示，T4_1_3.nwk即为需要修改的树文件（本示例的需求是将树文件中LITCHI开头的节点名批量修改为以LcWRKY为开头的节点名）。
既然需要修改节点名，那么你需要准备一个节点名更改的文件（如图3所示）。这一文件仅包含两列内容，一列为你需要修改的树节点，第二列为修改的名称。需要注意的是，原始节点名和修改节点名需要按行一一对应。随后，将该文件拖入检索文件文本框。
接下来，将指定的用于保存结果的文件拖入‘Output file’文件文本框，并勾选‘is save’复选框。最后，点击‘process’（图4方框2）。接下来，就会输出修改后的nwk文件，再将该文件导入到MEGA中即可进行进化树绘制。另外，本软件的结果预览部分还会显示该节点是否能够被修改，如图4方框3所示，第三列的T和F则分别表明原始nwk文件中是否包含该节点（如果包含，则节点名会被修改）。
注意；输出的树文件仅包含建树的相关信息，不包含图4方框3的第一列信息。
当然，如何构建进化树，大家可以详见下面的推文，在此就不多赘述了（可见之前的推文或对应公众号）。
三 惯例小结
建树已经成为现在生物文章中必不可少的基本环节了。构建一个好看的进化树已经成为许多文章的标配了。相信通过本公众号，大家可以了解一些简单的建树流程，从而能够帮助大家多发SCI。如果读者觉得还有什么功能需要实现，也可直接通过公众号留言。最后的最后，欢迎大家多用Multi-omics Hammer软件，多提宝贵建议。也欢迎大家多关注公众号（见个人介绍）。
软件下载地址：
https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer
