[R语言] corrplot包做相关性热图

参考文章：

corrplot做相关图

R语言可视化之corrplot包

转载请注明：陈熹 chenx6542@foxmail.com （简书号：半为花间酒）

前置知识

corrplot(corr,
    method = c("circle", "square", "ellipse", "number", "shade", "color", "pie"),
    type = c("full", "lower", "upper"), add = FALSE,
    col = NULL, bg = "white", title = "",  is.corr = TRUE,      
    diag = TRUE, outline = FALSE, mar = c(0,0,0,0),
    addgrid.col = NULL, addCoef.col = NULL, addCoefasPercent = FALSE, 
    order = c("original", "AOE", "FPC", "hclust", "alphabet"),
    hclust.method = c("complete", "ward", "single", "average",
                      "mcquitty", "median", "centroid"),
    addrect = NULL, rect.col = "black", rect.lwd = 2,
    tl.pos = NULL, tl.cex = 1,
    tl.col = "red", tl.offset = 0.4, tl.srt = 90,
    cl.pos = NULL, cl.lim = NULL,
    cl.length = NULL, cl.cex = 0.8, cl.ratio = 0.15, 
    cl.align.text = "c",cl.offset = 0.5,
    addshade = c("negative", "positive", "all"),
    shade.lwd = 1, shade.col = "white",
    p.mat = NULL, sig.level = 0.05,
    insig = c("pch","p-value","blank", "n"),
    pch = 4, pch.col = "black", pch.cex = 3,
    plotCI = c("n","square", "circle", "rect"),
    lowCI.mat = NULL, uppCI.mat = NULL, ...)

corr：需要可视化的相关系数矩阵
method：指定可视化的方法，可以是圆形、方形、椭圆形、数值、阴影、颜色或饼图形
type：指定展示的方式，可以是完全的、下三角或上三角
col：指定图形展示的颜色，默认以均匀的颜色展示
bg：指定图的背景色
title：为图形添加标题
is.corr：是否为相关系数绘图，默认为TRUE，同样也可以实现非相关系数的可视化，只需使该参数设为FALSE即可
diag：是否展示对角线上的结果，默认为TRUE
outline：是否绘制圆形、方形或椭圆形的轮廓，默认为FALSE
mar：具体设置图形的四边间距
addgrid.col：当选择的方法为颜色或阴影时，默认的网格线颜色为白色，否则为灰色
addCoef.col：为相关系数添加颜色，默认不添加相关系数，只有方法为number时，该参数才起作用
addCoefasPercent：为节省绘图空间，是否将相关系数转换为百分比格式，默认为FALSE
order：指定相关系数排序的方法，可以是原始顺序(original)、特征向量角序(AOE)、第一主成分顺序(FPC)、层次聚类顺序(hclust)和字母顺序，一般”AOE”排序结果都比”FPC”要好
hclust.method：当order为hclust时，该参数可以是层次聚类中ward法、最大距离法等
addrect：当order为hclust时，可以为添加相关系数图添加矩形框，默认不添加框，如果想添加框时，只需为该参数指定一个整数即可
rect.col：指定矩形框的颜色
rect.lwd：指定矩形框的线宽
tl.pos：指定文本标签(变量名称)的位置，当type=full时，默认标签位置在左边和顶部(lt)，当type=lower时，默认标签在左边和对角线(ld)，当type=upper时，默认标签在顶部和对角线，d表示对角线，n表示不添加文本标签
tl.cex：指定文本标签的大小
tl.col：指定文本标签的颜色
cl.pos：图例（颜色）位置，当type=upper或full时，图例在右表(r)，当type=lower时，图例在底部，不需要图例时，只需指定该参数为n
addshade：只有当method=shade时，该参数才有用，参数值可以是negtive/positive和all，分表表示对负相关系数、正相关系数和所有相关系数添加阴影。注意：正相关系数的阴影是45度，负相关系数的阴影是135度
shade.lwd：指定阴影的线宽
shade.col：指定阴影线的颜色

实践画图

library(corrplot)
?corrplot

# dat是个人数据
M <- round(cor(t(dat)),4)
# 原生配色
col2 <- colorRampPalette(c("#67001F", "#B2182B", "#D6604D", "#F4A582",
                           "#FDDBC7", "#FFFFFF", "#D1E5F0", "#92C5DE",
                           "#4393C3", "#2166AC", "#053061"))

corrplot(M,
         tl.col = 'black',
         tl.pos = "ld",
         tl.cex = 1.1,
         cl.pos = "b", 
         method = "circle", 
         order = 'AOE', 
         col = rev(col2(200)),
         mar = c(0,0,0,0),
         type = "lower",
         diag = FALSE,
         addCoef.col = "grey20",
         p.mat = cor.mtest(t(M), conf.level = 0.95)$p
);

总结：
corrplot包是基于原生绘图函数，画布设置太麻烦了，加上我对par函数一向不熟悉，感觉操作很累。也不能用ggsave保存，总之出图效果可以但体验很差，下次试试ggcorrplot包