NetworkAnalyst是个集基因表达和荟萃分析的可视化在线分析平台，分析内容包括：差异分析、功能分析和网络分析。
NetworkAnalyst在线工具网址：https://www.networkanalyst.ca
包括五块功能模块：
1）Gene list input ：含表达值的基因ID列表的差异分析
2) Gene Expression Table ：单个RNA测序或芯片数据表达数据
3) Multiple Gene Expression Tables ：多个RNA测序或芯片数据表达数据
4) Raw RNA-Seq Data ：将RNAseq fastq文件上传到Galaxy服务器上进行分析
5) Network File：网路文件分析
Gene list input
1）点击“Specify organism”的下拉菜单，选择您所需分析的物种信息，目前包含了Model organisms[11], Ecological species [5]。点击Set ID type，选择要分析基因ID类型，包括Entrez ID、Ensembl Gene ID、Ensembl Transcript ID、Uniprot Protein ID以及Official Gene symbol。
2）在“Copy-and-paste one or more gene lists”粘贴您要分析的基因信息，如果粘贴一列数据，可以是一列Entrez ID或者Official Gene symbol，如果粘贴两列数据，一列为Entrez ID和一列FC值。
3）点击“Upload”,数据合格后会弹出检查OK对话框。然后点击“proceed”。
点击“proceed”后，则进入结果分析页面“Analysis overview”,分析结果呈现包括“Network Mapping”和“Visual Analytics”。
点击“Enrichment nerwork”,则会出现KEGG通路富集结果，默认为“KEGG数据库”，如需更换通路数据库，可以选择左上角“Database”下拉菜单进行不同数据库切换，然后点击“submit”进行分析。中间蓝色区域则显示的是富集的通路构建的通路网络图，右侧“Result Table”
点击右侧通路表达中相应信息，通路图会定位到相应的通路。
在“Analysis overview”界面，在可视化分析界面点击“interactive heatmaps”可以进行热图。我们可以看到标尺栏左侧低表达是蓝色，随着表达增加逐渐由黄变成红色。如果你不喜欢这样颜色组合，可以通过上面“colors”按钮进行不同颜色组合。
继续回到“Analysis overview”界面，选择PPI（蛋白交互网络），界面如下。
Proceed后分析结果如下。
继续点击右下角“proceed”,则进入网路图。左侧“Node Explorer”则显示各个基因节点信息。同样我们可以通过一些工具按钮对该图进行格式修改，如颜色，3D等。
另外，利用NetworkAnalyst可以得到基因和miRNA靶向互作关系。同样回到“Analysis Overview”界面，在可视化界面点击“GRN”，选择“Gene-miRNA interactions”
同理，我们可以利用NetworkAnalyst进行疾病、药物、化学等互作网路。
