建安五年，刘备、关羽、张飞终于在万般劫难之后，在古城重聚。刘备在众人的拥护下，开始向着荆州进发。同年八月，曹操率军北上，与袁绍官渡相持。十月，曹操烧去袁绍乌巢粮仓，历史上著名的「官渡之战」，以袁绍败北，曹操大胜而告终。然而曹操的野心并不只有北方的半边天下，得天时地利的霸主，已对荆州展开了新一轮的攻势。
刘备军顺利抵达荆州投靠刘表，此时正逢荆州爆发内乱，对话刘表之后答应帮忙清剿乱党，同时刘景升赠与我军新野属地(终于有了自己的第一座城池)。离开大殿即遇见徐庶，带刘备来到武将编成所前。一番对话后其让刘备军在荆州以西的新野城内寻找一物「方玉配饰」，随即前往。
此任务是开启军师天赋系统的必要条件。此外荆州城的装备也可以进行一轮更新。
重要提示：若之前击败了下邳城的吕布，吕布下野。本章节开始大地图出入城池或野外战斗后有几率出现袭击刘备军，将其击败是吕布的仲间条件之一。第三章开始在野武将出现的频率也将大幅提升。
出荆州城，向城西方向前进，看到新野城。进城与百姓对话，在城内的菜地里寻得徐庶所要的「方玉配饰」。编成所左侧的木屋前遇见旅人，提问(任命军师后，军师离队有何状况)，正确回答「选项二」后获得「初魂石x3」。城内左下角房屋前有一贤士，对话后知晓是从徐州跟随刘备来到荆州的孙乾，日后刘备有令，孙乾必当分忧。回到荆州城，将「方玉配饰」交给徐庶，徐庶言在编所内可更换将领，可设置军师。对话结束后，徐庶加入队伍，进入编所，游戏军师系统正式开启。
在编所内可以调派参战的武将，并且任何武将都可以设置为军师，按照当前获得的军师天赋可以点亮天赋，初始上限为3个，可点亮上限随剧情增加。军师设置完成后按Shift键刘备军的行军速度提升200%，当然在房屋内和特殊地形下是不可以加速行军的。此外，训练所内开启了木桩系统。木桩有五个阶段，可根据队伍实力选择合适阶段花费一定银两进行挑战，测试队伍的伤害。每一阶段木桩需要在规定回合内全部击断，可根据木桩阶段不同获得相应的天赋奖励(「后位」、「其位」、「中位」、「次位」、「首位」)，木桩并不会攻击，但每回合会刷新若干减伤BUFF。若超出回合则失败。需注意，一、二阶段木桩第六章开始就会永久下架，请及时挑战。
离开荆州城前去剿匪。探索地图，在荆州城东、东南、正南方向的区域内分别有三个村落，其中两个村落被乱党占领，分别将他们击破。
村一，荆州城东侧村落，与刘真对话得知他已将乱党除灭，随后向你索要10个初心丹，给与后离去。村内有一旅人，与之对话，提问(护行烟和隐护计有何不同)，正确答案「选项一」后获得「真魂石x1」。
出村向荆州城东南方向行军，来到第二个村落，击败乱党后进入右上角房屋中与店家对话，出价2000两，店家出售物品，获得「鱼鳞军印」，同时习得鱼鳞阵法。
出村向荆州城正南方向行军，看到第三个村落，击败乱党后进村。在道具店右侧房屋内交于工匠一颗真魂石，可随机打造一枚玉石，并获得造诣「玉石之力」。与村内一村民对话后向你索要用于住宿的恢复品，此时你的道具栏自动打开，如果有「行军帐」的话可以选择给她，然后你会获得些金币，当然也可以不给，不影响任何游戏流程。以后类似此NPC还会有，只是索要的物品和获得的物品不同。
剿灭所有乱党后，回荆州大殿向刘表复命，之后返回新野。新野城中与伊籍对话得知曹操派吕氏兄弟来犯荆州。伊籍出谋在博望坡依靠地利抵抗吕氏兄弟。此时再与城内的孙乾对话会加入队伍，并获得军师天赋「辅佐」。离开新野城向西南方行军，进入博望坡。抵达山坡后看见吕旷、吕翔兄弟带兵前来，与之对话后触发战斗。
顺利击败吕旷二人后回到新野城。在大殿前遇蔡瑁，欲邀请刘备军前往江陵操练水军(出现选项)，「一同前往」或「再做打算」，出新野城后一直往东面行军，穿过荆州城东侧的村落后，再往南行便可抵达江陵城。
若是选择「一同前往」，则比较简单，可与蔡瑁一起可以进入城内，与蔡中蔡和等4名武将切磋获胜即可。进入城内后可先与西边城墙外屋内的令尊对话，获得物品「文人草书」。之后的剧情可以获得造诣「文人之书」和天赋「策池」。如果选择「再做打算」，则难度相对提升。江陵城无法进入，只得在城门外开启战斗，敌军变为5人，增加了一名青州兵，黄祖会先手布置冲方阵，且每回合会受到水计策的百分比伤害，恢复压力很大，但战斗胜利后会在江陵城外发现通往曹营的渡船，并获得造诣「水都之邀」以及军师天赋「水战」。
江陵一战刘备军识破蔡瑁的用意后，收兵返回新野。此时伊籍已在城内等候，并带来了徐庶母亲的家书。其母被曹操奸计转至许昌囚禁，将欲加害，今手书来唤，元直只得无奈离去。临行前向刘备军推荐一人，此人住在荆州城二十里外的隆中，可在水镜先生处打探其行踪。嘱咐完毕后，徐庶离开玩家队伍，投奔曹操而去(可在徐庶离开前卸下其装备，避免被带走)。
依照徐庶所言，出新野城往南行军，前往水镜阁。进入绿瓦房屋内，与司马徽对话。得知徐庶离开乃是曹操谋士之计。离开前徐庶推荐之人乃是卧龙，复姓诸葛，单名亮，字孔明。现住在荆州东外二十里的隆中，可前往拜访。
往荆州城东侧村落的下方行军，穿过一排绿色的树林后在一座山林内可进入卧龙岗。山脚右侧可遇见旅人，正确回答「选项三」后获得「大会心丹x3」。接着上山，左上角房屋前与书童对话，被告知先生并不在家，刘备只得报上姓名来日再行拜访。首顾草庐结束，回荆州面见刘表。离开宫殿时天空下起大雨，刘备决定趁雨再次拜访孔明。这次在孔明住处见到书童与另外一人，上前对话得知其是诸葛均，留书后再次离开卧龙岗，完成二顾草庐。此时在卧龙岗山腰处可遇一人，卧龙之友博陵崔州平。持有道具「文人草书」时与其对话，可获得造诣「文人之书」及军师天赋「策池」。
从卧龙岗返回荆州，进入大殿内发现刘表病危，对话后得知其欲将荆州牧让位于刘备，向来以仁德著称的刘皇叔当然不会就此答应，之后刘表告知有条密道可通往新野，出大殿蔡瑁突然杀出，率兵造反。
堵住了出城的路，来到大殿左侧的房屋内并进入密道，密道内有天赋「上将」，如果有「军运牌」的话可以开启金色宝箱，三次暴击后获得「冲方军印」并习得冲方阵法。
密道地图：
成功逃出密道后，刘备军直接到达新野城内，陈登离队留守新野，此时有情报说孔明于昨日回到家中，刘备大喜，即刻准备三顾草庐。到卧龙岗后对话童子，刘备只身拜访，进入屋内，发现孔明正在午睡，对话床榻，三次不要叫醒。一番言论后，诸葛孔明终于加入队伍。
剧情过后，突然来报，曹操派夏侯惇率十万大军来袭，孔明军师亦可小试身手。对话后队伍只剩赵云和孔明，可以去编所调遣其他将领参战，当队伍满五人时，在博望坡战斗我方援军不会更改当前设置好的出战队伍，反之关羽、张飞、关平在战斗时会自动加入战斗队伍中。从西南方向进入博望坡，坡道中调查木堆共可获得「火把x5」，在博望坡二层点燃所有冒烟的柴堆，全部点燃后，对话夏侯惇进入战斗。
孔明赵云与夏侯惇正面交锋，第一次战斗以防御为主，一回合后诸葛亮主动撤退，将夏侯惇引入了包围圈(切勿使用武将技，以备第二场战斗)。随后关羽、张飞、关平前来助阵。若之前寻得全部火把并将柴堆点燃，夏侯惇大军此时会陷入火海，进入战斗后，敌军每回合会受到烈焰灼烧伤害(根据点燃柴堆的数量)，此外夏侯惇的武将技「麒麟」基本会秒杀我方将领，可用回生丹复活，获胜不难。
若没有点燃任何柴堆，则无法触发火攻烈焰，正面与夏侯惇交锋，敌人的伤害极高，战役难度大大提升，但战斗胜利后可获得造诣「博望神军」。当然造诣也可以二周目时再做，毕竟一周目有些造诣想获得还是很有难度的。
顺利击败夏侯惇后返回新野，正要欢喜时，伊籍传来急报：荆州刘表已故，曹操率领百万军士往荆州而来，欲报火烧博望坡之耻。刘备决定带着百姓前往江陵城暂避，孔明、关羽则前往江夏求援，先行离队。
来到江陵城门，未料蔡勋不但不开城门，反向刘备军发起进攻，刘备军扶老携幼，陷入苦战，全军属性下降，难以作战，只能选择撤退，往江夏避难。此战与日前的练兵不同，「苦战」状态属性全面下降，加上没有士气所以非常艰难，可选择撤退直接前往江夏(强行战斗胜利后剧情也不会发生任何变化)。
随后向北进入山陵村，村内有天赋「兵伐」,进行补给后往南进入长坂坡触发战斗，曹洪携青缸剑阻挡刘备军的去路，此战可选择撤退，但难度不高，可以轻易击败，只要注意血量，忌心李典，最后一定要保留一位残血敌兵给赵云恢复满血量后再击破，为长坂坡突破做准备。
战斗胜利后，刘备军被冲散，赵云暂时获得青缸剑，习得武将技「真无双」，同时进入「复免」状态，无法使用药品和计策进行血量恢复。
一路上可以遇到曹洪、李典、于禁及乐进等敌将追杀，击退每个武将可以获得200人击破数累计。击败一组兵士可以获得100人击破数累计。在长坂坡中间位置可以寻得糜夫人，夫人将阿斗交于赵云保护，为不拖累赵云，投井而死，赵云赶至张飞等人处，即可完成突破。
累计击杀满500人，可获得造诣「百人击破」，累计击杀满1000人，可获得造诣「千人击破」。
方才脱离长坂坡(坡内1000人斩后，赵云的真武将技可永久保留，否则将会消失，建议二周目时再行完成，难度会大大降低)。曹纯的追兵已至，强行进入战斗，危机时刻孔明与关羽率大军从江夏赶到，一起加入战斗。
一回合后，孔明谏言撤退，赶往江夏。(此战为6人BOSS战，每个敌将伤害都非常高，且将技附带防御及提速BUFF，难度很高，此战为剧情战斗，正常情况下建议在将重点放在接下来的江夏城，在进入战斗后的第三回合选择撤退。若击败前来追击的曹纯大军，可获得造诣：「逆境重生」)。
注：在长坂坡赵云解除复免状态后可回山陵村调遣武将，如果队伍已满5人则关羽和孔明不会加入战斗，如果是三人出战关羽和孔明会自动加入战斗队伍。继续向南行军至栅口处，士兵来报：蔡瑁袭击占领了江夏，请刘备火速赶往江夏。栅口左侧看见旅人，正确回答「选项三」后获得装备「钢刀」。
往南来到江夏城前，触发本章节最终BOSS战，蔡瑁先手布置长蛇阵，提高全军的命中，张允武将计「摄魂」可以让一名武将混乱，失去自主能力两回合，效果类同于离间计，蔡瑁会连续施放两次武将计溺水，随机对4名武将造成伤害并叠加溺水BUFF，有此BUFF的武将会受到翻倍的水计策伤害，两名谋士会施放全体水属性计策配合蔡瑁的溺水。
建议：必要的情况下可先返回长坂坡上方的江陵村编成所进行武将调配和军师天赋设定，再行前往迎战。
此战对我军的限制很大，武将一旦中了摄魂击，就只能听之任之，毫无办法;有溺水BUFF存在，水属性计策伤害会很高，鱼鳞阵虽然能减少计策伤害，但缺点也是致命的，1号5号位会100%被暴击，一旦被攻击，恢复压力巨大，而且蔡瑁、张允、文聘的普攻伤害不俗，不推荐使用。可以利用孔明「天变之雨」，减少消耗的同时能大幅降低韩嵩、王桀的水计伤害，优先将文聘的兵力削减，等「摄魂」效果结束后，要根据战况做好恢复，尽量在「天变之雨」的回合数之内尽快重创敌军，只要文聘、张允等人阵亡，韩嵩、王桀也就失去了威胁，全面进攻，即可击败蔡瑁。
随后进入江夏与刘琦汇合，城内有军师天赋「耐力」，城中的NPC会求取奏乐之物「木长笛」，如果在之前的野外战斗中获取，可交于此人，随机获得一种玉石，不交也不影响剧情。大殿内东吴使者鲁肃为联合抗曹而来江夏，孔明答应与其一同前往江东面见孙权，鲁肃加入队伍。(前往江东只能孔明鲁肃两人，不可携带其他将领)。出城后，乘坐渡船前往东吴，卧龙之志章节至此结束。
