查理是一个患有先天性弱智的35岁男子，从童年开始当父母发现他智力水平低下以后渐渐的失去了照顾他的耐心，后来辗转被叔叔抚养，叔叔去世以后把他寄养在面包店打工。天真善良的他认为面包店的人都是朋友，朋友们笑他是因为对他的喜爱。查理一直希望自己可以变聪明，这样他就能做很多事，得到更多人的喜欢，所以他去了为智力障碍者开设的学校，努力学习读书写字，但是效果并不好，他会忘掉学过的一切东西，智商的低下是不能被轻易改变的事实。
一次偶然的机会，一位医生和一位教授研究出一种脑科手术可以把动物变得很聪明，但是他们只在小白鼠身上做过试验。由于查理的善良天真的本性，医生和教授选中了查理进行人体实验，变聪明是查理的愿望，所以他欣然接受了手术。
术后，查理的确渐渐变得聪明起来，但却发现面包店的人们并不是真正的待他为朋友，当然查理的转变也让周围的人变得不适应，他们不能接受原来的傻瓜变得比自己还聪明，所以查理失去了在面包店的工作。
查理渐渐拥有了超出常人的智商，在与教授们交谈时他发现所谓的教授也不过是对某一个领域有一点点发言权罢了，并不像想象中那样学识渊博，而且这些所谓的聪明人们大都摒弃不了自己对物质的欲望和追求，有时候追求名声比研究学术占的比例更大。查理渐渐的失望起来，因为变得聪明并没有让他变得更快乐，也没有得到人们的喜欢。
在感情上，查理依然像孩子一样单纯，他一直喜欢着爱丽丝，但是他逐渐变聪明的事实让她产生了恐惧。
变得异常聪明的查理通过阿尔及侬发现了手术的缺陷，也预料到了自己的未来，也就是这种聪明的状态达到峰值以后就会慢慢退化，甚至比以前的情况还要糟糕。他想从现实中逃脱出来，于是他离开了人群，独自一人面对着智力慢慢退化的事实。这个时候，爱丽丝是他唯一一个不会想要远离的人，但是查理不想连累她，让她伤心，所以在最后也赶走了她。
故事的最后，查理独自去了“艾伦之家”——那个他从小恐惧不愿意去的地方，因为在那里有跟他一样的人，只有跟他们在一起他会受到跟别人一样的待遇，不会受到歧视、嘲笑和残忍的欺负。
书中通过查理写的日记记录着他一步步的经历，让我们可以通过查理的角度去看这个世界，了解人性。希望这个世界多一些关爱和包容，但是卑鄙自私、个性丑陋的人还是会顽固的存在着，所以或许我们需要有包容一切的心，但是如果我们变得比这些人更聪明，更强大，我们就可以识破他们简陋的小把戏，避免使自己受到伤害，但是不管什么时候，爱都是我们最需要的东西，纯粹的爱是宝贵的，值得被珍惜。当我渐渐通过自己了解世界以后，我希望我还是能怀着纯真的心去爱她。
