总目录
分子对接1：PyMOL进行可视化
分子对接2：Autodock Vina进行分子对接
分子对接3：Autodock Vina的结果用PyMOL进行可视化
分子对接4：Autodock4进行对接并PyMOL可视化
=================本部分内容开始=============
前面，分子对接2：Autodock Vina进行分子对接得到对接结果
接下来用强大的PyMOL工具进行可视化
1 ADT直接查看对接结果
Edit-delete-delete all molecules
Analyze-docking-
image.png
显示如下结果
image.png
箭头可以翻看其他键能的配体结构 继续打开大分子的文件
image.png
稍作调整会得到下面形式
image.png
还可以看看有没有π键
image.png
结果如下
image.png
image.png
主菜单color可以改变颜色
但还是PyMOL可视化效果更好
2 Autodock Vina结果在PyMOL进行可视化
如果对上面的结果直接file-save会出现
image.png
所以不能直接输出复合体pdb文件。
2.1 输出配体分子的pdb文件
删除受体，只保留配体，保留结合能最高的那个。
然后file-save-write PDB-OK
2.2配体分子导入PyMOL
打开PyMOL,file-open导入受体，配体
file-export molecular
命好名字
然后重新打开file-open-刚才的分子，，如下图显示
剩下的工作就是PyMOL操作了
具体
分子对接1：PyMOL进行可视化
image.png
下图是Autodock Vina结果
image.png
Autodock· Vina对接及可视化部分到此结束。
