本书一开始就点明了宗旨，“以道德代替法制，至明代而极，这就是一切问题的症结”。道德代替法制最直接的现实表现就是名实分离。举朝上下被牢牢的框在一个礼法的框架中不厌其烦的重复形式以强化统治权威，此种举动并非全无道理，但当这套形式成为了主题且耗费大量的精力，那么历史不再有前进的可能。即使当时代的人拼尽全力也无法有分毫的改变。
因为他们只能用老办法解决新问题，但是老办法压根解决不了新问题却又没有其它办法，敢于用其它新办法解决问题的人又不容于当时之社会。即便皇帝也是如此。
不得不说，万历有做一个好皇帝的充分条件。八岁登基，在位时间极长。倘若真能励精图治且持之以恒，长达半个世纪的时间必能对大明王朝有所改观。但是他似乎找不到打破整个系统寻求改变的突破口，他也无法跳出皇权的局限有所作为。从少儿时期，万历就受到了良好的教育，张居正在小皇帝教育这上是费了巨大心血的。从制定课程，挑选老师再到纠正错误，在某种程度上就是扮演了一个严父的角色。《万历十五年》中有一件事例是讲张居正规劝小万历不要因书法这种末节小技而花费过多精力。虽然用今人的眼光来看待，这是扼杀孩子天性，阻碍孩子全方位发展，但不得不否认，那种心无旁骛，一心只读圣贤书的教育在那个时代就是最好的教育。成年后，万历更是博览群书，将京城一切能买到的书都买来研读。这些作为皇帝而享有的教育资源再加上张居正的言传身教以及不断的行政实践，足以让他成为一个好皇帝。但制度需要他做的只是不厌其烦的履行各种仪式，作为一种无上的权威而存在着。他本也想有一番作为，肃清了张居正的影响后，他才意识到自己只是沦为了文官互相斗争的工具，他无意于此却无法抗拒。因为无论他有何种举动，也只不过是让文官集团周而复始的旧貌换新颜，其循规蹈矩的本质是无法改变的。随后的废立皇子之争，彻底让他心灰意冷，他不是不能像他的祖父嘉靖一般利用手段，以强力达到自己的目的，但那又有何意义呢。他已看清，他已厌倦，虽然贵为皇帝，手中握有的灵活度却是极其有限的，这种灵活度甚至不足以支撑他做成一件自己想做的事。他不再想挣扎了，但又不愿妥协，那只能选择消极怠工这种逃避态度。
在大臣层面。前后两任首辅，性格迥异，张居正和申时行。一个敢于任事，不惧挑战。一个含蓄稳重，小心翼翼。但两个人同样都给不出怎样才能把这个国家治理好的答案。
我是佩服张居正的，他敢于突破现有的条件且尝试可行的办法去达到自己想要做成的事。但又怎样呢？当做出突破的那一刻起，他已经被推向了当时人们固有观念的反面，只是等待一个时机就能彻底的摧毁他努力所造就的一切。从夺情之争再到后来的彻底被清算，读来实在让人心酸，有一种壮志未酬的悲壮，而更多的是来自那个时代的无奈。反观申时行又怎样呢？循规蹈矩，企图最大限度的尊重现实而寻求一些突破，夹在皇权与文官之间，左支右挡。终于也无力招架。他们试图革新又无力对抗守旧。这种矛盾最集中的体现就是海瑞的经历。一个谨遵圣贤教会，恪守本朝各项道德法纪的官僚，买了两斤肉都会被传为新闻的清官，却成了到处惹是生非的人物，却成了只能表面提倡而暗中贬抑的人物。最终也只能在为官又无用，辞官又不得去的矛盾中走完一生。
再看思想层面的李贽，遁入空门而并未受戒，可见他仅仅是为了逃离现实那套纲常伦理对他的束缚而出家。但仅此而已，他也只能逃掉外在的束缚却无法摆脱思想的藩篱。孔孟之道自汉代以来占据统治地位，一直被统治阶级所依赖，至唐宋两代经历一次大的变化，文人士大夫逐步主导了官场，因此一种新的学说应运而生。宋代大儒朱熹便是集大成者，但其所强调的理性也只是用自然界中格物而得的理去支持解释孔孟那种由人之感情所生发出的理，可说是换汤不换药。从本质上来讲，无论哪一种理皆是由类比之法而得来的结论，本就不具有指导一切的能力。而随后的心学则是从心里的自然自在中求理，心学的本意也只是用致良知的方法以解释孔孟之道而使其经世致用，李贽走向了心学的一个岔口，这便有了自由主义的倾向，他全凭个人直觉解释经典便是一例，这就有可能会危及当时统治权威的根基。所以李贽自然不容于当世之主流。囿于当时陈腐的思想环境，李贽无法创造出一种属于自己的思想体系而代替旧体系。那他无法跳脱的命运也就决定了。临死前，七十老翁何所求的感慨好似终其一生没有找到答案的无奈，也好似彻底释然的洒脱。
整个万历十五年，就是这样一种境况。正如黄仁宇先生在书的结尾所说：
在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。
