本篇的直接谈话人是苏格拉底的门生斐多和佛利的厄刻克拉底。苏格拉底在受刑之日与前来看望他的门生同道一起讨论灵魂，最后喝毒药而死。在场的斐多后来返回佛利，向崇拜苏格拉底的厄刻克拉底转述那一天讨论的详细内容和苏格拉底临终就义的情节。
与苏格拉底在狱中交谈的主要人物是来自底比斯的西米亚斯和克贝。苏格拉底首先陈述了他的主要论点：尽管哲学家把自杀视为犯罪，但真正的哲学家是视死如归的人。然后，提出灵魂不朽的论据：（1）人死后灵魂并不是简单地被湮没，而是继续成为某种东西，灵魂在与肉体结合之前是有理智的；（2）灵魂是单一的事物，不可分解，永远与自身保持一致；（3）从“型相”推论灵魂不朽，灵魂赋予肉体生命，灵魂不接纳死亡，因此灵魂不朽。关于灵魂的讨论最后转向道德：信仰灵瑰不朽是合理的，它使人知道前面有一个无止境的未来，关心灵瑰符合人的长远利益，道德上的善恶选择具有令人敬畏的意义。
每当夜晚来临，马基雅维利回到家中，重新换上整洁的衣服，端坐在书房，开始和古代那些伟大的灵魂对话，他把它看作是一天中最惬意而神圣的时刻。当捧起《斐多篇》，我不禁也产生那种感觉，仿佛站在西米亚斯和克贝的旁边，听到他们不断地提出疑问，而苏格拉底并不着急，好像要死的是别人而不是自己。不知什么时候我站了起来，捧着书走到阳台，那里阳光充足，去年的兰花在这个寒冬竟然同时有十二朵竞相绽放。我一边读得不想停下来——因为吸引我的不仅是晦暗模糊的论证，还有死亡渐渐临近时苏格拉底的夷然自若——一边又担心其实是在囫囵吞枣，就算看过也不能领会真意，因此应该慢些再慢些，就算如此也许十遍二十遍之后才会稍有所得。
死亡是主题，苏格拉底说：“我想要……说明为什么我认为一个把一生真正贡献给哲学的人在面对死亡时感到欢乐可能是对的，他充满希望，认为自己死后能在那边获得最大的幸福。西米亚斯和克贝，我要试着告诉你们，这种事如何可能。我有点担心，其他人可能无法理解，那些以正确的方式实践哲学的人实际上就是正在死，在练习死亡。如果这是真的，那么终生都在期待死亡的他们，在他们渴望和期盼的事情真的到来时愤怒，那就确实太奇怪了。”
“练习死亡”就是海德格尔的“向死存在”，两者都不是在物理意义上而是在存在论、本体论意义上谈论死亡。对于后者，死亡就是存在，此在首先把自己委托给自己的死亡，即委托给自己最本真的存在，“向死存在”是向着可能性存在。常人表明日常性（他是日常此在），他们只关心经验意义上的死亡，经验的归纳得到的结论只具备或然性而非必然性；此在关心的是存在论意义上的死亡，具备最高的确定性。常人回避死亡，以“躲避”的方式解释死亡，即死亡与己无关；此在直面死亡，在存在中确定死亡，因为这就是此在最本己的存在方式。经验的死亡的不确定性和存在的死亡的确定性结伴而行。
对于前者，死亡是让“任何在者（即存在）对灵魂变得清楚了”的条件，因为灵魂只有摆脱身体才能获得真理和智慧。苏格拉底的“练习死亡”就是永远将关注灵魂作为生命的第一要务，认清灵魂和身体作为主人和臣民，因为“灵魂最像是神圣者，是无死亡的、有理智的、统一的、不可分解的，始终与其自身相同，而身体最像是凡人，是可朽的、多重的、无理智的、可分解的，从不保持持续的相同。”
“未实践哲学、不能在离世时完全纯洁的人，不可能加入众神的群体，只有那些热爱学问的人才行。……由于这个原因，那些以正确的方式实践哲学的人远离所有肉体的情欲，主宰它们，而决不向它们投降；这样做根本不是因为担心耗费金钱和财产，这是大多数人和那些爱钱者所担心的，也不是因为害怕丢脸和坏名声，就像那些雄心勃勃的人和热爱荣誉的人所担心的，实践哲学的人会远离它们。”
“我们一定不可允许这样的信念进入我们心中，没有什么论证是健全的，我们倒应当相信，尽管现在还不健全，但我们必须鼓足勇气，渴望达到健全，你和其他人为了你们仍在继续的整个生命的缘故要这样做，我为了死亡本身的缘故要这样做。”苏格拉底提醒我们这种哲学上的谨慎与节制，无教养的人“在他们对任何事情进行论证时，注意的不是讨论主题的真理，而只是急于让那些在场的人接受他们提出的观点。”但真理总是渐进式的，甚至没有终点，可贵的在于追求而非占有。报纸起先说“某种食品添加剂对身体有害”，但一段时间过后又会声称“某种食品添加剂对身体无害”。我们不能断言一定有一个错误或者这证明了一切都是相对的，关注的重点可能在于论证的角度、全面性、样本量、逻辑正确性这些方面，人们常说“抛开含量谈毒性就是耍无赖”，这是一个重要的角度。质疑推进我们接近真相，达到健全。
“如果灵魂是不朽的，那么它不仅在被我们称作我们的生命的这段时间，而且在所有时间都需要我们的关心，如果灵魂得不到关心，那么人处在可怕的危险之中。如果死亡逃避一切事物，这对邪恶者来说倒是一种极大的恩惠，因为他们不仅摆脱了肉体，而且也摆脱了他们的邪恶与灵魂。但是现在灵魂好像是不朽的，除了尽可能变好和变聪明以外，灵魂不能逃避邪恶或得到拯救，因为灵魂要去地下世界，它能带去的只有它的教育和成长，据说这些东西会给死者带来最大的好处或伤害，就在去那边的旅程开始的时候。”
苏格拉底在喝下毒药之前讲述了希腊神话中亡灵奔赴冥府的情景，他认为这些情景与真相必有某些相似之处，“人在今生必须尽力获取美德和智慧，因为他以后能获得的奖赏是美好的，希望是巨大的。”
“没有一个聪明人会坚持认我说的这些事情是真的，但我认为人值得冒险相信它——因为这种冒险是高尚的——也就是说，这件事，或其他相似的事，对我们的灵魂和它们的住处来说是真的，因为灵魂显然是不朽的，人应该向自己反复讲述这件事，就好像念咒语，这就是我拉长了我的故事的原因。这就是一个人可以为他自己的灵魂感到高兴的原因，如果他在活着的时候漠视身体的快乐和身体的装饰物，这些东西带来的损害大于好处，通过学习的快乐认真关心他自己，不是用外在的东西装饰灵魂，而是用它自己的饰品，亦即节制、正义、勇敢、自由、真理，在这种状态下等候去地下世界的旅行。”
……他端着酒杯，然后镇静、轻松地一饮而尽。……我的眼泪哗哗地流了下来。……甚至在我之前，克里托就止不住流泪而站了起来。阿波罗的哭泣一直没停，而此刻禁不住嚎啕大哭起来，使屋里的每个人更加悲伤欲绝，只有苏格拉底除外。他说：“这是在干什么？你们这些人真奇怪！就是因为这个原因，我把那些妇女打发走，要避免这种不体面的事，有人跟我说过，人应当安安静静地去死。所以，保持安静，控制你们自己。”他的话让我们感到羞耻，我们停止了哭泣。
当苏格拉底的肚子变凉的时候，苏格拉底揭开原先蒙上的盖头，说了他最后的话。他说：“克里托，我们欠阿斯克勒庇俄斯（希腊医神）一只公鸡：要用公鸡向他献祭，千万别忘了。”
雅典人看到这一幕将羞愧难当，他们的指控之一就是苏格拉底不信神。
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