Linux环境下的软件安装
1. 压缩软件bzip2的检查与安装
安装程序yum install -y bzip2
2.软件管理器Miniconda的下载与安装
下载
cd biosoft
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc
添加国内镜像没有镜像安装软件会报错
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
3.conda的使用
查看软件列表
conda list
搜索目标软件
conda search fastqc
安装软件
conda install fastqc -y
卸载软件
conda remove fastqc -y
4.conda 环境
1.查看当前conda环境
conda info --envs
2.建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 激活新的conda环境
source activate rna-seq - 卸载一个环境中的软件
卸载某个软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y
卸载这个环境
conda remove -n rna-seq --all
