Bulgarelli, D., Rott, M., Schlaeppi, K. et al. Revealing structure and assembly cues for Arabidopsis root-inhabiting bacterial microbiota. Nature 488, 91–95 (2012). https://doi.org/10.1038/nature11336原文地址
图2 |拟南芥组装了一个独特的根系细菌微生物群。a-g，科隆土壤样品（a-d）和高尔姆土壤（e-g）样品中OTUs（0.5%）的区室特异性和相对丰度。a、 所有OTU的三元图。每个圆圈代表一个OTU。每个圆圈的大小代表其相对丰度（加权平均值）。每个圆的位置由所示隔室对总相对丰度的贡献决定。图中的虚线网格和数字表示每个隔间贡献增加20%（见补充方法）。深蓝色圆圈标记在根室中显着富集的OTU（FDR，0.05）。b、 类似于包括木材隔间的三元地块。OTU显着富集根（深蓝色，rOTUs），木材丰富的群落成员（橙色，wOTUs）和根和木材隔间（浅蓝色，莲花）共享的OTU（FDR，0.05）。c、 富含根和木材的OTU相对丰度的热图。垂直列表示样本，水平行表示OTU。样本聚类（顶部）基于OTU共现。左侧的颜色代码表示b.d中定义的OTU区室特异性，rOTUs，lOTUs和wOTUs亚群的分类组成。图表中每个部分的大小与分配给指定分类群的OTU的累积相对丰度成比例。e、 所示土壤中莲花和轮状菌的数量（FDR，0.05）。f、 在指定的区室中OTU Actinocoralia sp。的相对丰度（平均6s.e.m。）。星号表示在所有其他指示的隔室中根隔室显着富集（FDR，0.05）。g、 在所示拟南芥生态型的根室中OTU Actinocoralia sp。的差异相对丰度（平均6s.e.m。）。星号表示显着差异（FDR，0.05）。
方法摘要：本研究中使用的天然土壤和所有方法的详细说明可以在补充信息中找到。拟南芥生态型Shakdara和Landsberg erecta在长日照条件下（16小时光周期）以确定的种植密度在装满天然科隆或戈尔姆土壤的盆中生长，并在开花初期收获根。将木Fagus和Betula夹板插入土壤中至约4cm的深度，并将未种植的土壤盆置于与具有活植物的盆相同的条件下。收获最上面3cm的根和土壤培养的木材，洗去粘附的土壤并定义为“根际隔室”。洗涤后，对根和木质碎片进行超声处理以除去细菌表面生物膜并富集内生细菌（'root'/'wood'隔室）。使用MP Bio Fast DNA for Soil Kit进行所有区室的DNA提取。条形码细菌16S rRNA基因PCR扩增子使用先前描述的引物17,18的修改版本与着陆PCR程序（补充表6）组合以产生宿主rRNA基因扩增。凝胶纯化扩增子（Qiagen），合并并在454 Titanium平台（Roche）上测序。我们使用SILVA7数据库对454个读数进行了分类。对于基于OTU的分析，我们使用PyroTagger19筛选高质量序列和97%序列同一性的簇。使用R中开发的一系列软件包和脚本进行统计分析。使用对数转换相对丰度的缓和t检验获得来自两个区室或相互作用项的样品之间基于OTU或SILVA的分类计数的显着差异。纠正了多重假设检验。如前所述进行CARD-FISH实验，稍作修改20,21。如前所述记录SEM显微照片22。
