拥有独到的眼光，再加上过人的专业素养，萧何顺利晋升“大汉第一功臣”。所谓“人臣至极”，在封建社会中，作为臣子的一切荣誉，他都拥有了。到达了人生的巅峰，也就是要开始走下坡路了。即使如萧何这般圆融之人，也难免遭到刘邦的猜疑。毕竟新的王朝建立了，这些功成名就的元老大臣，在理论上都是有威胁他刘邦江山的可能。萧何更是如此，既然不会像张良那样功成身退，他也要想办法为自己谋求全身之策。
王朝刚刚建立之初，除了跟匈奴干架之外，刘邦基本上出去就是平定各种叛乱。当时，陈豨串联韩信，准备谋反。刘邦出去平叛，结果韩信的谋划也泄露出来。吕后找萧何和陈平出谋划策，结果，萧何把韩信骗到宫殿，韩信被吕后擒杀了。刘邦回来之后，自然非常高兴，不仅外患被清除了，内忧也解决了。于是，刘邦大赏萧何。萧何也被刘邦的恩宠搞得晕晕乎乎，开始有点张扬了。还好，萧何手下有一名谋臣叫召平，他提醒萧何不要张扬，以免步了淮阴侯韩信的后尘。经过这一提醒，萧何冷汗直冒，赶快把自己家的财帛拿出一部分来捐给国库。从此开始了低调的为官生活。
然而，再低调似乎也没有什么用。刘邦又出去征讨叛乱了，这次是九江王英布谋反。萧何又干回了自己的老本行——稳定后方，给刘邦输送粮草补给。每次后勤补给送到前线，刘邦总是要问粮草押运官：萧丞相在长安干什么？粮草押运官是萧何派去的，当然会如实禀报：萧丞相在长安勤勤恳恳办公，爱民如子。刘邦听后反而没有什么嘉奖，而是表现出淡淡的不悦。送粮官回来自然要和萧丞相禀报，萧丞相一时也没参透个中玄机。一次，在向门客询问的时候，一个没有留下名字的门客提醒萧何：皇上总是问您在长安干什么，听到您勤勤恳恳之后竟然还面露愠色，实在不是好兆头。如果萧丞相再不留意，可能要遭到灭门之灾了。一个大大的“懵”字写在了萧何的脸上！为什么？我也没干什么贪赃枉法的事情啊！怎么就灭门之灾了?
门客提醒他：正是因为萧丞相兢兢业业，爱护百姓，才出了问题。皇上害怕你萧丞相民心所归，谋反啊。萧何无语了。这都什么时候了，如果想要谋反的话，曾经那么多次的谋反机会，为什么都不谋反？这个时候谋个哪门子反啊！可是刘邦不会听你萧何分辨啊。怎么办？门客献策：既然皇帝担心萧丞相的民望太高，威胁到他的皇位，那就把名望变差吧。于是，萧何开始利用职权，侵占百姓的土地，搞得民怨沸腾。
刘邦搞定英布之后，凯旋回归。一进长安，一堆告状的百姓直接拦下刘邦，所有进言全部是告丞相萧何的状。刘邦一听，心理可乐开花了——终于有你的把柄了。
刘邦问罪萧何，结果萧何竟然想让刘邦把上林苑的荒地拿出来给百姓耕种。我也是服了，门客都说了，怎么萧何的脑子坏了吗？没的说，萧何这种“损皇帝，肥百姓，赚名声”的提议又把刘邦给惹恼了。其实，萧何真的是习惯为百姓福祉，没有为自己想太多，结果，终于被刘邦给关起来了。当然，刘邦也知道，萧何这都不算什么事。没过两天，就有人为萧何说话，而且理直气壮。因为发声的人是皇帝身边的一名护卫，所以，刘邦还是听进去了。毕竟，萧何勤于政事也是为了他老刘家的天下。谋反，也仅仅是自己的心中臆断的而已。所以，最终刘邦把萧何放出来了，君臣面上重归于好。
这么看，刘邦还算不错了。怎么也不能算是暴君，对功臣们还不错。至于那些武将，是因为刘邦自己带兵的能力不咋地，真的害怕他们造反自己应付不了，所以才一个一个都给灭了。
从这之后，萧何更加如履薄冰了。基本上对于朝政，不会再发表过多的言论了。而此时刘邦也越来越老，自己也折腾不动了，立储君的事情就被提到了日程上。因为宠爱戚夫人，所以，刘邦打算改立刘如意为太子。这个决定遭到了以吕雉为首的众多老臣的强烈反对。吕雉几乎拜访了所有的元老重臣，萧何自然是她第一个要争取的人。本来自己小心翼翼地安度晚年，别出什么意外就好。可皇帝刘邦偏偏折腾，那也就没有办法了。如果换做别的什么事情，萧何可能也就不会发表言论了，但是，换太子这动国本的事情，他不能坐视不理。从国家角度来讲，废长立幼实在是导致天下大乱的重要原因；从自身考虑，如果刘如意被立为太子，那么戚姬掌权，他萧何以及后代子孙估计要断送在这个女人的手里了，毕竟萧何是吕后的铁杆支持者。好在换太子的阻力过于强大，刘邦最终没有实现。
晚年的小心翼翼给萧何带来的最大收益就是——善终。大汉第一功臣完成了他的历史使命，终于谢幕。不过，他的后世子孙在他的荫蔽之下，也都一直享受着大汉王朝的恩宠。
