题目：Identification of transcription factorbinding sites using ATAC-seq
DOI: 10.1186/s13059-019-1642-2
杂志/日期：Genome Biol. , 26 Feb 2019
关键词：ATAC-seq; Computational footprinting
分类：「方法」
日期：2019年2月17日——2019-Week8
主要内容：
这篇文章考虑到ATAC-seq实验的人工误差提出了第一个转录因子足迹的分析方法——HINT-ATAC，使用位置依赖模型探究转座酶的裂解偏好，观察到由局部核小体结构决定的转录因子结合位点周围的特异剪接模式，因此，HINT-ATAC可以更好的预测转录因子的结合位点。
题目：Combined analysis of dissimilar promoter accessibility and gene expression profiles identifies tissue-specific genes and actively repressed networks
DOI: https://doi.org/10.1186/s13072-019-0260-2
杂志/日期：Epigenetics & Chromatin, 12 Feb 2019
关键词：ATAC-seq; promoter
分类：「思路，新观点」
日期：2019年2月17日——2019-Week8
主要内容：
许多研究都报道了启动子处的染色质可及性与基因表达成正相关，而这篇文章发现了一个不一样的趋势。他们发现相关性最强（高表达，强的染色质可及性）的可能与管家基因功能相关。组织特异性基因表达量高，但是染色质可及性仅为中低水平的coverage。此外，他们预测到中、低表达的、但是有高启动子覆盖的基因被积极抑制。
