从Cornerstone到OHIF Viewer—JS影像前端开发最佳范例

原文:从Cornerstone到OHIF Viewer—JS影像前端开发最佳范例 - Star Walker的文章 - 知乎
https://zhuanlan.zhihu.com/p/58767457

业内的朋友们都已经关注到了这个JavaScript语言编写的DICOM影像浏览前端,并且早就有了深入了解。之所以前段时间去了解DICOMweb,因为偶然机会,先是接触到了Cornerstone,然后从CornerStone发现了OHIF Viewer。学习OHIF Viewer时,发现OHIF Viewer后台首选DICOMweb 接口,从第三方PACS服务器查询和获取影像。

可能不是所有同学都已经了解OHIF Viewer,这里简单梳理从Cornerstone到OHIF Viewer的脉络体系,介绍给大家。

技术体系

概况来讲,Cornerstone是一套JavaScript底层组件,用于支持医学影像的显示与交互;OHIF Viewer是一套基于Cornerstone开发的纯网页版医学影像浏览前端。如同它的名字一样,Cornerstone为医学影像Web前端开发提供基石;OHIF Viewer则是基于这套基石开发的Web前端应用。

简单来说,Cornerstone是底层基石,OHIF Viewer是上层应用。

此外,在Cornerstone之上,还封装开发了一个更高层级的工具组件库Cornerstone Tools;而与OHIF Viewer并列,还有一个LesionTracker,用于病灶随访对比。这里也将一并简单介绍。

前端应用到底层组件

关于版权

Cornerstone和OHIF Viewer都采用MIT开源协议。MIT是最宽松和自由的一种版权许可协议。使用者只需要在软件和软件的所有副本中包含原创版权声明,就可以使用、复制、修改、合并、出版发行、散布、再授权及贩售软件及软件的副本。

简单来说,只需要保留原作者的版权声明,就可以将源代码用于商用,并且不需要公开自己二次开发的源代码。

这一点对于现在新崛起的创业公司来讲,简直不要更贴心,有没有?

cornerstone

先来说一说Cornerstone这个基石。如果想直观感受这个基石的威力和这个“轮子”的方便程度,可以直接打开这个网站:https://cornerstonejs.org/

网站首页直接展示了一个编程示例,对应的代码如下。可以看到,只用了13行代码(核心代码11行)就在网页上嵌入显示了一幅DICOM影像,并且支持包括缩放、平移、灰窗这些基础图像交互操作。

const element = document.getElementById('demo-element');
const imageId = 'https://example.url.com/image.dcm';
cornerstone.enable(element);
cornerstone.loadAndCacheImage(imageId).then(function(image) {
cornerstone.displayImage(element, image);
*// Enable our tools*
cornerstoneTools.mouseInput.enable(element);
cornerstoneTools.mouseWheelInput.enable(element);
cornerstoneTools.wwwc.activate(element, 1); *// Left Click*
cornerstoneTools.pan.activate(element, 2); *// Middle Click*
cornerstoneTools.zoom.activate(element, 4); *// Right Click*
cornerstoneTools.zoomWheel.activate(element); *// Mouse Wheel*
});

网站首页还用一句Slogan直接给出Cornerstone的使命,原文摘抄如下:
Medical Imaging, Simplified.——The easiest way to build interactive medical imaging web applications.
Cornerstone从设计到实现,具有三大特性

  • 标准兼容——支持DICOM影像解析,来实现图像网页显示;支持DICOMweb中的WADO-URI和WADO-RS接口,来实现图像网页获取。
  • 高性能——采用网页端多线程解码,来加速图像显示。这一点对于互联网应用采用JPEG等压缩方式来传输图像非常有帮助。
  • 可扩展——采用模块化(组件)设计,能够嵌入不同前端架构。例如目前最流行的React架构。
    根据目前了解到的,Cornerstone从代码实现到落地应用,确确实实实现了它提出的目标和愿景

cornerstone examples

要想更详细了解Cornerstone提供了哪些具体功能,下方的网页是最佳去处。网页提供了一整套示例,可以直接点击查看和体验。
https://rawgit.com/cornerstonejs/cornerstone/master/example/index.html

这里选择两个典型例子,把网页截图分享给大家。只是截图无法互动操作,体验还是受到比较大影响
例子一:All features (scroll, zoom, pan, window/level, html overlays, resize, invert, interpolation)


图片.png

例子二:Composite Images


图片.png

概况起来,Cornerstone覆盖了:

  • 图像加载、显示、缓存、插值,以及OpenGL渲染
  • 支持灰度映射表,包括设备映射表和感兴趣区映射表
  • 支持显示状态,Presentation State
  • 窗宽窗位、反色、缩放、平移、翻转、旋转
  • 伪彩显示、融合显示、图层Overlay
  • 页面内图像布局
  • 序列图像浏览Cine

想要了解更多?
源代码:https://github.com/cornerstonejs/cornerstone
在线文档:https://docs.cornerstonejs.org/

Cornerstone Tools

Cornerstone的开发团队同时还开发并且开源了Cornerstone tools。这个可以看做是在Cornerstone之上开发的一组工具集合,是界于底层库和上层应用之间的一个中间层。团队开发这个工具库的主要目的,一方面是为了进一步减轻大家在开发医疗影像前端时的工作量,另一方面,也是为了能够保证所有的工具,尤其是界面交互工具,都保持良好一致性。

回顾上面Cornerstone覆盖的功能范围,可以发现,还缺少影像软件都必备的标注和测量功能。Cornerstone Tools恰恰覆盖了这个缺失的范围。概况起来,Cornerstone Tools覆盖了下述功能:

  • 探针、角度、长度、正交线、Cobb角测量
  • 椭圆、矩形、自由区域测量
  • 箭头、文字标注
  • 画刷、橡皮

可以看到,Cornerstone在加上Cornerstone Tools,基本覆盖了医疗影像前端软件的基础和常用功能。需要注意,Cornerstone Tools还处在开发中,从代码到文档,都还没用稳定和完善。

想要了解更多?

帮助文档:https://tools.cornerstonejs.org/

源代码:https://github.com/cornerstonejs/cornerstoneTools

OHIF

在介绍OHIF Viewer之前,有必要先介绍OHIF。OHIF,http://ohif.org/, 英文全称为Open Health Imaging Foundation,致力于创造一个平台,使得大家可以:

  • 使用最少的资源开发出创新的软件;
  • 使用开源组件开发产品化软件;
  • 科研成果可以高效转化为临床工具。

作为示例,OHIF开发了两个前端软件,分别是OHIF-viewer和LesionTracker。这两个软件都是基于Cornerstone开发的,都遵循MIT协议,允许商用。其中,前者是一个通用的纯网页版医学影像浏览前端;后者则面向病灶(肿瘤)随访提供了更加专业的工具组件。

OHIF Viewer

这里先重点介绍OHIF Viewer。从下方图像浏览的主界面截图可以看到,OHIF Viewer包含了日常放射影像浏览与测量的各项基础功能。大家注意界面右侧的“Measurements"栏。在图像中添加的测量或标注,都会以列表形式显示在这里,同时自动保存到后台(服务器端)数据库。点击列表中测量或标注,可以直接打开对应的序列,并且直接跳转到测量或标注所在的层面。可以说,OHIF Viewer满足临床医生日常阅片或放射医生“轻量级”会诊完全没有问题。只是如果用于放射科医生日常写报告“重量级/高强度”阅片,在阅片效率和专业工具丰富程度上,还有一定距离。不过放射科医生专业阅片也并不是OHIF Viewer主打的应用场景


图片.png

技术上,OHIF Viewer基于Meteor框架开发,https://www.meteor.com/。Meteor是基于node.js的前后端一体化开发平台,采用发布/订阅机制,集成Mongodb,提供服务器-客户端响应式(reactive)数据同步机制。OHIF-viewer的代码采用Meteor包来组织和发布,能够灵活集成,并且易于扩展。

有一点需要强调说明,OHIFviewer是一个非常纯粹的前端viewer,它本身不存储和管理任何影像。而是通过配置文件,与第三方PACS Server对接,通过DICOMweb或DICOM Query/Retrieve方式来查询和获取影像。所以OHIFviewer不能单独部署使用,需要同时部署第三方PACS Server。官方推荐Othanc和dm4chee,以及Osirix。

想要了解更多?

在线文档:https://docs.ohif.org/
源代码:https://github.com/OHIF/Viewers

LesionTracker

在OHIF Viewer以外,OHIF还开发提供了另外一个示例,LesionTracker。这里不展开介绍了,大家可以通过下方的软件主界面快速感受一下。


图片.png

图片.png

想要了解更多?

演示视频:http://ohif.org/wp-content/uploads/2017/11/LesionTracker-cropped.mp4
专业论文:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29092955
在线文档:https://docs.ohif.org/
源代码:https://github.com/OHIF/Viewers

背后的大神

从Cornerstone到OHIFviewer,背后都离不开一位大神:Chris Hafey,https://github.com/chafey。他是包括Cornerstone和OHIFviewer在内,多个开源医疗影像软件的发起者和主要贡献者,同时也是多个商业化影像软件的主架构师。最让人敬佩的是,他不仅技术上非常厉害,在医学影像软件开发领域,引领新趋势,而且,具有无私的开源共享精神,一直希望用自己的共享,去推动整个产业的发展,从而最终能够服务到更多的人。

最后,原文摘录Chris在Cornerstone的Readme文档中FAQ部分,回答的第一个问题,与大家分享:

The main reason this library is released as open source is that I believe that medical imaging in particular can do a lot more to improve patient outcomes but the cost of doing so is prohibitive. Making this library open source removes the cost barrier and will hopefully usher in a new set of medical imaging based applications.
...
It is my hope that this library be used to build a variety of applications and experiences to deliver on this vision. The MIT license allows this library to be used in any type of application - personal, open source and commercial and is therefore appropriate to support this vision. If you are reading this, I hope you can join me in this mission as there is still a lot to be done.

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,456评论 5 477
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,370评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,337评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,583评论 1 273
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,596评论 5 365
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,572评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,936评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,595评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,850评论 1 297
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,601评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,685评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,371评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,951评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,934评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,167评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 43,636评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,411评论 2 342