参考QIIME 2用户文档. 01简介和安装 Introduction & Install(2020.2)
1. 下载并安装MiniConda2
下载最新版miniconda2
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
运行安装程序
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
删除安装程序，下次你会下载新版
rm Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
添加常用下载频道
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
添加清华镜像加速下载
site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
conda config --add channels {site}/pkgs/main/
conda config --add channels {site}/pkgs/r/
conda config --add channels {site}/cloud/msys2/
conda config --add channels {site}/cloud/pytorch/
升级conda及相关程序
conda update conda
安装下载工具
conda install -y wget
2. conda环境安装QIIME 2
mkdir -p 2020.2 && cd 2020.2
下载软件安装列表
wget -c https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml （一般无法下载，手动下载后上传）
创建虚拟环境并安装qiime2，防止影响其它己安装软件
time conda env create -n qiime2-2020.2 --file qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml
删除软件列表
rm qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml
3. QIIME 2环境的启动
下面我们进入虚拟环境，
如果想不起来你建议的虚拟环境名称，用如下命令查看：
conda info --envs
激活工作环境，命令如下：
conda activate qiime2-2020.2
测试安装是否成功
qiime --help
QIIME 2运行成功，显示如下帮助信息：
Usage: qiime [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...
QIIME 2 command-line interface (q2cli)
....
Commands:
info Display information about current deployment.
......
关闭工作环境
conda deactivate
不用QIIME 2时关闭环境，不然你其它程序可能找不到或运行可能会出错
