Trimmomatic
优势：
1、可使用参数更多，如滑窗剪切，可以直接选择使用内置的接头序列等等；
2、默认可生成paired和unpaired两种文件，更利于下游分析。
劣势：
1、代码非常长，而且容易写错，最好写在一个脚本里；
2、参数比较难记，像ILLUMINACLIP中的几个数字分别代表什么必须要对照说明书才能看懂；
3、运行时间较长；
4、只适用于illumina测序得到的数据，不适用与其他测序平台。
Trim_galore
优势：
1、安装和使用都非常简单；
2、代码较短
3、参数更直观，不用去死记硬背
4、默认下不区分paired和unpaired，运行速度较快
劣势：
可调参数较少
trim_galore参数：
参数说明：
--quality：设定Phred quality score阈值，默认为20。
--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台使用的Phred quality score。
--adapter：输入adapter序列。也可以不输入，Trim Galore!会自动寻找可能性最高的平台对应的adapter。自动搜选的平台三个，也直接显式输入这三种平台，即--illumina、--nextera和--small_rna。
--stringency：设定可以忍受的前后adapter重叠的碱基数，默认为1（非常苛刻）。可以适度放宽，因为后一个adapter几乎不可能被测序仪读到。
--length：设定输出reads长度阈值，小于设定值会被抛弃。
--paired：对于双端测序结果，一对reads中，如果有一个被剔除，那么另一个会被同样抛弃，而不管是否达到标准。
--retain_unpaired：对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。
--gzip和--dont_gzip：清洗后的数据zip打包或者不打包。
--output_dir：输入目录。需要提前建立目录，否则运行会报错。
-- trim-n : 移除read一端的reads
对于单端测序数据，基本用法如下
trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq
对于双端测序数据，基本用法如下
trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz
也可不指定接头序列，Trim galore是可以自动检测adapter的！
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参考链接：https://blog.csdn.net/lazymark2/article/details/119224606
