推荐一个网址,立志于学习此包的伙伴。
可视化kegg通路-pathview包,这个网页的下边还有关于这个包的使用说明书,很全,帮助你更好深入学习。
我没有使用这个包是因为找到了一个替代品。pathview的替代网页版本,同一作者开发。网页版介绍详情,只有这样的女神级KEGG通路图才配得上我的Paper和标书。
我使用GEO2R下载的差异基因,没有下载表达矩阵,R包要求输入表达矩阵的各个样品表达量,GEO2R只有logFC。
并且在网站处理的时候,也是如此,所以我在表格中设置参照组为1,完美解决问题。.
我同时选择了5条通路,并且改变了color bar 的limit把参数值展现更清楚。