biostar handbook学习笔记(零):当我们谈生信时,我们在谈论什么

这篇笔记发表于2017/10/14日。这是我第一次组织一个学习社群时的感想和记录。

曾经听过一个同学说,他的同学的一个导师虽然有钱,但是不愿意用高通量测序的方法进行基因定位,依旧采用人力设计标记,然后对群体基因分型的方式定位基因。问其原因,是不太相信高通量测序的结果,觉得生物信息学不靠谱,不如分子标记靠谱。

有这种想法的人肯定不少,想想也很有道理呢,电泳图怎么会骗人,实实在在的数据结果,不像生物信息学那样,摸不着看不到,太过虚幻。

或许这就是不理解什么叫做生物信息学吧,我想谈点我对生信,或许是我对任何一门技艺的理解:学习一门技艺其实就是让人更自由

我问过一个学舞蹈的小伙伴:跳舞最开始是是不是自己先学一门特定的舞蹈,比如说爵士,然后模仿其技艺,在不断地练习中让人的肌肉,人的躯体能够根据自己的想法完成动作,也就是一种非常自由的境界。最后,你听到音乐的时候,就能根据自己的理解,用自己的躯体表现出音乐。

然后他说,“是的,跳舞最后都是用身体玩音乐。”

当然不只是跳舞,音乐家也是如此。要想成为顶级的大师,必须要先熟练掌握一门乐器,这样子可以开始锻炼自己的理解能力,自己的表达能力,最后随心所欲的根据自己的理解进行演奏

那么学习生信的目的是什么?我的理解是,能够自由地解决生物学问题。单一靠传统的实验能解决的问题已经不多了,你要知道一个基因的可能来源,你至少要学会到数据库进行搜索吧。你想知道基因之间的同源性,你是不是还需要对序列进行联配然后打分。如果你不相信生信,你甚至都不应该用计算机去查找数据库,而应该自己一眼一眼看过去。(当然,我开始怀疑你的注意力是不是一直那么集中)

生信就是让生物学家多了一门解决生物学的工具。

换句话说,无论是做实验,还是学习生信,最后的结果都是自己能够更加自由地解决问题。

而这就是研究生毕业之后应该拥有的能力,能够快速的理解问题,并且规模出解决问题的路径,最后解决问题。而不是仅仅会做实验,会跑几个生信流程而已。

下周计划

  • 记录如何部署分析环境
  • 学习基本的生物学概念
  • 学习基本分析能力

关于biostar handbook

biostar handbook是一门面向初学者的书, 整理了biostars (类似stackflow, 讨论生信的地方)里面的提问,通过非常结构的方式进行展示。并且提供练习的数据,以及如何练习的过程。

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,098评论 5 476
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,213评论 2 380
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 149,960评论 0 336
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,519评论 1 273
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,512评论 5 364
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,533评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,914评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,574评论 0 256
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,804评论 1 296
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,563评论 2 319
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,644评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,350评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,933评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,908评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,146评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,847评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,361评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容