三体Ⅱ的故事情节建立在宇宙社会学的公理上。第一，生存是文明的第一需要；第二，文明不断增长和扩张，但宇宙中的物质总量保持不变。
人们发现，三体人的交流不需要语言，他们的大脑思维可以直接通过脑电波进行互相交流。三体人的思维对外界是完全暴露的，不能隐藏。他们想到什么，就会传达出什么信息。在三体人的思维世界中，不存在计谋和伪装。他们和别人交流时，所交流的一切都是真实的，不能欺骗，不能撒谎。这不像人类，人类可以想一套，说一套；人类可以想的做的不一样；人类只要不说，谁也不知道他脑子里到底在想什么。
发现了三体人的这种思维特点后，人类选出了四位面壁者，给他们赋予绝对的权力。他们可以调动任何想调动的资源，可以做任何想做的事，他们也完全不必向任何人解释他们这样做的原因和目的。这样，三体人派来的智子也就无法了解四位面壁者到底想的是什么，他们到底会用什么样的战略来对抗三体人的侵略。
第一位面壁者试图建立一支强大而意志坚定的地球太空军。但他的真实想法不是让太空军去对抗三体的侵略者，而是用宏原子聚变的极高能量，毁灭地球太空舰队。这样，这只舰队就变成了宏观量子态的幽灵舰队。这些已经死去的幽灵不可能再死第二次，所以让这支幽灵部队去对抗三体侵略者。可是他的战略被三体人识破了！三体人完全不在乎量子幽灵。
第二位面壁者试图用能量巨大的氢弹改变水星轨道，使水星掉入太阳，从而引起太阳内部物质的喷发。这些喷发物质最终会将金星、地球和火星也拉入太阳，进一步毁灭整个太阳系。这样的做法当然会让三体人失去侵略的目标，但他付出的是整个太阳系的代价，而且人类也会同时灭亡。这个策略也被三体人识破了。
第三位面壁者表面看，是给人们的大脑中植入坚强不屈的思维钢印，但实际上他是一位失败主义者，他压根儿就不相信人类能够战胜三体。
当三体人派出的前哨，一个水滴状的小型航天器到达太阳系时，人类已经建造了一千艘巨大的恒星级战舰。人类派出一千艘太空舰队，浩浩荡荡的向三体人的水滴展示自己强大的力量！结果，水滴仅仅凭借自己异常坚硬的外壳，使用撞击的原始方法，就完全毁灭了地球人类的庞大舰队！少数逃出的几艘战舰之间又发生了内斗，最终只有两艘战舰逃亡到太空深处，保留了一点人类的生命火种。
就在人类世界陷入极度绝望的时候，第四位名叫罗辑面壁者，发现了宇宙社会的丛林规则，也就是黑暗森林规则。如同在一个黑暗的森林里，有很多持枪的猎人在行走。如果有人暴露他的位置，其他猎人最佳的策略不是去探查，而是顺手一枪打过去，管他是什么东西，先消灭了再说。所以，保护好自己星系的坐标位置，是避免黑暗森林打击的主要策略。
罗辑在太阳系外围布置了很多核弹，人们都以为他是要用核弹来防御三体侵略者。等他布置完所有的核弹之后，才和三体人交流。他告诉三体人，这些核弹爆炸后，将会在宇宙中展示出三体星系和太阳系的坐标位置图。罗辑的威慑马上起到了作用。三体人立刻同意放弃对地球的侵略，同时还答应在科技上帮助地球人快速进步。第四位面壁者罗辑终于拯救了太阳系。
