写在前面:如果你不知道顺式作用元件是什么?请翻阅之前的文章:顺式作用元件的认识、查找、分析
正文在这:今天有一个小伙伴在公众号私信问我PLACE数据库怎么用
然而对于长期使用PLANTCARE的我来说,这个问题有点超纲。
不过没事,不懂咱就学,还能咋滴是不是,毕竟实验汪的核心竞争力就来源于非常有耐心,学的快,上手快。
首先,最常用的两个分析网站的区别是?
植物顺式作用调控元件(PLANTCARE)数据库不仅收录了植物顺式作用元件,而且收录了植物增强子(enhancer)和抑制子(inhabitor)。
植物DNA顺式作用调控元件(PLACE)数据库是从已发表文献中搜集的植物的DNA顺式作用元件的基序(motif),该数据库标注了每个基序和相关文献摘要,但是仅包含维管植物。
来源于:王秋岩,何淑雅,马云,李俐娟,李斌元.启动子分析方法的研究进展[J].现代生物医学进展,2015, 15(14):2794-2800.
其次,两个分析网站的分析结果如何分析?
PLANTCARE的结果应不用多说吧,花花绿绿的元件,点击小加号,来源物种,具体位置和motif,功能一目了然。
但是PLACE的结果就让人有点不知所措了,密密麻麻的小子,整体颜色也让人感觉很严肃。
以上图为例,首先1199是你输入序列的碱基数,(+)(-)则分别表示motif是正向(5’——》3‘)还是反向;接下来,让我们点开蓝色小字S000265,页面自动跳转到其详细内容
如果你想看懂这个结果,就一定要明白左侧的字母含义,所有含义均在下方列出,相信聪明的你肯定一看就懂哈。
ID, a unique identifier;
AC, a unique accession number; 同S000XXX
DT, date of update;
DE, a brief description of the motif;主要也就是看看这里。
KW, keywords;
OS, common name and/or scientific name of plant species;
RA, author name(s) of a relevant report;
RT, title of the report;
RL, bibliographic information of the report;
RD, PubMed ID numbers (of MEDLINE database at NCBI-NIH, USA) and/or GenBank accession number, where available;这里需要注意的是,并不是每个reference都有PubMed ID,如果有的话,恭喜,你可以点击PubMed ID直达原文。
(repeat RA to RD for up to seven reports);
SQ, motif sequence。
怎么样,简简单单,
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