在第一部中，人类的基础物理学家接二连三得死去，引起了高层的敏感注视，人类隐隐感觉到一场无形的战争正在悄然发生。而ETO，三体人在地球的代言正是这一场阴谋的幕后主使。他们一方面通过暗杀基础物理学家与智子配合封杀人类基础物理来控制人类的科技发展;另一方面通过VR感应游戏来进一步扩大组织，从而为三体人登陆地球做铺垫。
而主人公汪淼，正是反抗三体人的主要成员之一，作为纳米技术的博士，他成功得运用他的技术消灭了ETO的总首领，但同时却得出一个噩耗：三体舰队已经出发。人类决定对自己强大数倍的文明像虫子一般奋起反抗。
到了第二部，人类在面对三体智子无时无刻的监视下，所有战略计划，排兵布阵都会被三体人所探知。为了破除监视，人类实施了面壁计划：面壁人有权调用全地球的资源来部署战略，但是这些战略的目的只有面壁人自己知道。
随之而来的是三体人应运而生的破壁人组织，这个组织的目的很简单：将所有面壁人的计划公之于众。联合国选出了5位面壁人，但接连4位被破壁人拆穿，从而失去意义。仅存的面壁人，罗辑，从一开始受全人类敬仰，到最后遭到人类唾弃，才完成他最大的战略布局：一旦自己死去，三体人的星体坐标便会通过信号告知整个宇宙，而同时，也揭露了宇宙黑暗森林体系的本质。从此人类与三体人站在了同一战线上。
紧接着在最后一部，故事的开头先是揭露了人类在知晓三体舰队出发伊始，便想要将人类送至三体人那来理解更深层得研究三体人，这项计划名为天梯计划。最终选上出发的是，物理学家云天明，的大脑。程心作为天梯计划的主要成员，选择了冬眠来等待成果。在冬眠的200年后，程心被选为第二任执剑人，第一任为罗辑。执剑人的任务很简单，只要判断出三体人会对地球造成灭绝性的灾难，执剑人便将三体星的坐标公布于整个宇宙。但是好景不长，当执剑人的身份交于程心的十分钟后，三体舰队便剥开自己的伪装，暴露其蓄谋已久的攻击计划。人类再一次陷入战争边缘。
而这时候，远在几千天文单位以外的万有引力号和蓝色眼泪号星际舰队，义无反顾得将三体星坐标发布于整个宇宙。果然，三体星随后便被质量点光粒摧毁，而人类也处于同等打击的危机之下。这时候，程心收到了一则讯息：云天明想要见他。
云天明的大脑在被天梯送入太空后，被三体人截获并复原。因此，云天明在三体星那看到了三体人各项技术，且是被禁止向人类传授的技术。他在这几百年间，通过叙写童话来迷惑三体人，最后在与程心的见面的时候，用童话的方式来告诉人类躲避打击的技术是什么。
不过很可惜，人类最终并没有挖掘出云天明最想说出的核心技术：曲率驱动。一个可以让飞船进入光速，让空间内的光速维持在每秒16.7千米的超时空领域。也是唯一能让飞船达到太阳系逃逸速度的方法。
只是在最后，拥有这项技术的飞船只有程心所承载的星环号。因此，整个太阳系，也只有程心和AA逃了出来。整个太阳系，皆成为了二维画面。
根据相对论概念来说，达到了光速不仅改变空间上的维度，还可能改变第四维度的量：时间。在银河系中的一颗蓝星上，程心和另一万有引力号的博士关一帆，不小心坠入了黑域，时间就在光速的影响下，过去了180万年。
一切都变了，更为戏剧性的是，他们在最后，遇到了揭露一切真相的，也是人类一直在反抗的，三体人。
这些少部分在打击时候逃出的三体人，逐渐探究出，宇宙物质的原理，也发现了宇宙正在萎缩并重生的规律。他们已经掌握了运用宇宙物质来创造小宇宙的能力。但是，无论是三体人，还是宇宙中的其他文明，在知晓了宇宙规律之后，都明白：在宇宙的这场重生中，谁也逃不出去。
死神永生。
当我盖上三体的最后一页。我产生了一种幻觉：我觉得天空中的某双眼睛正在看着我。
我认为，之所以三体会被称为中国科幻小说的里程碑，正是因为，这部小说，不仅是科幻的，还是科学的。根据本人目前所掌握的物理理论，刘慈欣都用自己的想象，应该说是接近于事实的想象来诠释了这些物理理论的实际发展会是怎样的。这部小说中，人类的霸主地位第一次遭到挑战，人类不得不像地球上的其他生物一样，在更强大的文明下苟延残喘，却最终依旧无能为力。三体不仅仅是一部科幻或者说科普类小说，他甚至在一定程度上对人类作为最高文明的地位提出质疑，甚至提出了文明与文明之间最原始的不是交流，而是灭绝的理论。刘慈欣塑造下的三体世界，不仅只存在于小说，甚至它有可能存在于明天。宇宙之大，黑暗又神秘，正是因为这些，宇宙才会给予我们巨大的想象空间。可想而知，真正的宇宙，可能仅仅只是刘慈欣想象世界中的部分而已。
