本文将详细解释sixoclock运作机制，并结合一个案例展示通过sixoclock处理数据的过程，您可点击六点了跳转至网站。
通过本文，你将了解：
•sixoclock是什么？•下载sixoclock客户端软件•从sixoclock仓库下载软件•通过客户端运行下载的软件
1. sixoclock是什么？
sixoclock是一个提供可重用、模块化、可视化生物医疗数据处理算法的云协作平台。通过使用sixoclock，你将快速获取可靠的数据处理软件、流程，并通过在线的可视化参数配置界面完成软件参数的设置、软件的下载，利用本地计算设备，完成一键下载，一键运行。
2. 下载sixoclock客户端软件
运行sixoclock平台的软件，需要您的系统中安装有sixoclock客户端软件，您可前往下载中心[1]下载对应版本安装程序，sixoclock基于docker(需要root或docker运行权限)或udocker（不需要root权限，但部分软件无法正常运行），软件运行需要您的电脑中安装有docker或udocker，运行安装程序将指导您安装这些依赖环境。
2.1 windows用户
双击程序installer.exe完成安装，详情可前往Sixbox windows版使用说明[2]查看。
2.2 linux用户
运行命令bash Sixbox_linux64_latest.sh完成安装, 详情可前往Sixbox linux版使用说明[3]查看。
3. 从sixoclock仓库下载软件
登陆并访问sixoclock软件仓库[4]，搜索需要的软件。
点击所选软件条目，进入软件详情页， 页面详情页提供软件基本信息，使用说明，以及软件结构几部分。其中，
软件结构与参数配置面板提供软件参数的详细介绍，您可点击下方软件结构图中的图标进行查看。
页面右上角下载按钮提供了该软件主文件的下载，我们提供json与yaml两种格式,您可任选一种下载。
设置运行按钮提供该软件运行参数的在线配置功能，对于大多数用户，我们建议您通过这种方式配置软件，点击 设置运行 按钮，开始配置软件运行参数，
以软件 samtools-faidx 对参考基因组索引为例，点击 input_f 图标，设置参考基因组路径，
用户可前往下载hg19.chr21.fasta[5]以作测试用，
如本例，输入本地下载后的路径，D:\Downloads\hg19.chr21.fasta完成该参数的配置。
点击下载，选择下载数据完成软件与参数配置文件的下载。
这里，我们建议点选主文件同时下载软件与参数配置文件，此时下载结果为zip压缩包。
4. 通过客户端运行下载的软件
下载自sixoclock的软件需要使用客户端软件运行，您可前往下载中心[6]下载对应版本安装程序。
4.1 windows用户
对于一般windows用户，我们提供了一个简易的可视化运行软件，您可前往Sixbox[7]了解详情。
4.2 Python用户
对于Python用户，我们建议您下载sixoclock官方包sixrunr[8]运行下载的软件，
您可通过pip安装sixrunr，
pipinstall sixrunr
以运行上一节下载的samtools-faidx为例，在终端（linux系统）或命令提示符（windows系统）运行命令：
sixrunrC:\Users\6oclock\Downloads\samtools-faidx.cwlC:\Users\6oclock\Downloads\samtools-faidx.job.yaml
其中，
samtools-faidx.cwl为下载自sixoclock软件仓库的samtools-faidx软件主文件，
samtools-faidx.job.yaml为该软件对应的用户可视化配置的运行参数。
4.3 linux用户
对于linux用户，下载并安装Sixbox linux版本后，终端运行命令：
sixbox run /home/test/samtools-faidx.cwl samtools-faidx.job.yaml
其中，
samtools-faidx.cwl为下载自sixoclock软件仓库的samtools-faidx软件主文件，
samtools-faidx.job.yaml为该软件对应的用户可视化配置的运行参数。
4.4 查看结果
软件成功运行将会生成输出文件路径汇总结果和运行日志。
以windows cmd窗口运行为例（其它平台类似），最终结果为：
至此，一个完整的数据处理过程结束了，您可以开始尝试处理自己的数据。
References
[1]下载中心:http://www.sixoclock.net/download-center
[2]Sixbox windows版使用说明:http://www.sixoclock.net/support-center/sixbox-windows
[3]Sixbox linux版使用说明:http://www.sixoclock.net/support-center/sixbox-linux
[4]sixoclock软件仓库:http://www.sixoclock.net/application/pipes
[5]hg19.chr21.fasta:http://www.sixoclock.net/resources/data/NGS/Homo_sapiens/Reference/hg19.chr21.fasta
[6]sixrunr:https://pypi.org/project/sixrunr/
