基因组的序列提取，详情请看我之前的教程：https://www.jianshu.com/p/211a262aebc4
基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast，请看我之前的教程：https://www.jianshu.com/p/c876a5636554
下面讲如何在windows系统上用HMMER做基因家族的鉴定：
1， 下载
我们电脑首先要有个迅雷，然后复制这个链接，用迅雷打开(http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip)，下载到本地，解压。
2， 案例分析
HMMER是根据蛋白的结构域进行搜寻的，例如我们现在要找毛果杨的bZIP转录因子家族。在以往的文献中，我们知道拟南芥的bZIP蛋白序列，我们将拟南芥的bZIP蛋白序列提交到Pfam网站（http://pfam.xfam.org/）看看它的结构域。
我们批量提交并填写邮件，其它默认参数，可能要等半天甚至更长，结果会发至邮箱。
得到结果后，发现邮件里面有结果和结果的链接，点击链接可以去到网站上，结果可以也复制粘贴到excel中处理，在结果中，发现它们几乎都含有bZIP_1和bZIP_2结构域，结构域的编号分别是PF00170，PF07716。
点进去，下载stockholm格式的文件。
并将这两个结构域的文件，和毛果杨的全部蛋白文件都拷贝一份到HMMER的文件夹里面
在电脑的左下角打“cmd”，进入命令提示符
因为我的HMMER放在D盘中，路径是D:\HMMER，所以先进入D盘，输入命令
d:
再进入HMMER文件夹中，输入
cd HMMER
先对PF00170（bZIP_1）处理，输入命令
hmmbuild PF00170.hmm PF00170_seed.txt
再输入命令，搜索毛果杨中含有该结构域的蛋白序列
hmmsearch PF00170.hmm Ptrichocarpa_protein.fasta > PF00170.out
2秒算完，回到HMMER的文件夹中，发现了一些中间文件和PF00170.out的结果文件，可用excel打开处理。
PF07716（bZIP_2）也是同样的操作。
具体的结果分析，自行百度即可，网上的教程很多。
