参考书：《Numerical Ecology with R》-Daniel Borcard -F-P

1、基础函数(数据Doubs鱼类数据)

table统计数据出现的频次

> z

 [1] 1 1 1 2 5 5 7 7 7 7 7 7

> table(z)

z

1 2 5 7 

3 1 2 6 

unlist函数的作用，就是将list结构的数据，变成非list的数据，即将list数据变成字符串向量或者数字向量的形式。不以列表形式展示

> j<-list(c(1,2,3),5)

> j

[[1]]

[1] 1 2 3

[[2]]

[1] 5

> unlist(j)

[1] 1 2 3 5

nrow 提取数据总行数

ncol 提取数据总列数

head 只展示数据前几行

定义数据目标数据，对于大数据，只需要显示前几行或者前几列时如spe数据

spe( 1:5 , 1:10 ) 表示显示数据spe前五行前五列

dim 提取数据框维度（行数列数）

> dim(spe)

[1] 30 27

colnames 提取数据列数

rownames 提取数据行数

summary 以列为单位对列变量进行描述性统计

> summary(spa)

       X                Y         

 Min.   :  0.00   Min.   : 20.00  

 1st Qu.: 80.94   1st Qu.: 42.13  

 Median : 96.56   Median : 73.14  

 Mean   : 97.58   Mean   : 66.57  

 3rd Qu.:130.03   3rd Qu.: 89.13  

 Max.   :159.44   Max.   :105.43  

 range 数据范围 

range(spe)

[1] 0 5

barplot  柱状图

 barplot(height, width = 1, space = NULL,names.arg = NULL, legend.text = NULL,beside = FALSE,horiz = FALSE, density = NULL, angle =45,col = NULL, border =par("fg"),main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL,ylab = NULL,xlim = NULL, ylim = NULL, xpd = TRUE,log = "",axes = TRUE, axisnames = TRUE, cex.axis=par("cex.axis"),cex.names=par("cex.axis"), inside = TRUE, plot = TRUE, axis.lty =0, offset = 0, add = FALSE, args.legend = NULL, ...)

density:底纹的密度。默认值为NULL

angle：设置底纹的斜率

names.arg:边框的名字

xlim和ylim:设置图形x轴与y轴的范围。

xlab和ylab：设置x轴与y轴的lable

axes:逻辑参数。设置图形是否显示x轴或y轴。(如果TRUE，垂直（或水平，horiz如果是真实的）轴绘制)

las：与axes参数相对应，表示坐标轴label的方向（0和1）

plot:逻辑参数。设置是否显示条形图。

beside:逻辑参数。如果FALSE，那么将绘画堆叠式的条形；如果是TRUE，将绘画并列式条形。

cex.axis:设置坐标轴数值的膨胀率。比如cex.axis=1.5

cex.names: 设置条形标签（barlabels）的膨胀率。比如cex.axis=1.5

col: 设置条形底纹或者填充颜色。

gray:由白色到黑色的gray(0:8 / 8)0为纯白，1为纯黑，这儿分了8个程度

border：设置条形边缘颜色。如果设置为NA，则消除了边缘

width：设置条形的宽度

axis.lty:设置x轴的类型（类似lty）。默认axis.lty=0

names.arg:设置条形标签（barlabels）。

horiz：逻辑参数。设置图形是水平或是垂直

space：设置各个条形间的宽度。相当于各个条形宽度的一部分。

axisnames：逻辑参数。设置是否显示条形标签

xaxt= "n" 去除横坐标

yaxt =  "n"去除纵坐标

legend.text = 是添加文本

args.legend 文本的位置topright，topleft，（args.legend = list(x = "topleft", cex=2)）

add = “TRUE”将barplot加在目前已经有的图上

添加坐标轴的标签

axis(side=1, c(-2, 0, 2),tcl=-0.2, labels=FALSE)#添加坐标轴，slide=1代表横坐标，slide=2代表纵坐标，tcl的值代表添加坐标轴的那个刻度的长度，

图例函数legend()主要参数解释：

除了利用x,y设置图例的坐标外，用”topleft”， "center"，"bottomright"等设置位置非常方便。ncol设置图例的列数,  horiz设置图例的排列方向。常有的参数还有col，lty，pch

 legend(x,y = NULL, legend, fill = NULL, col = par("col"),border="black", lty, lwd, pch,angle = 45, density = NULL, bty = "o", bg =par("bg"),box.lwd = par("lwd"), box.lty= par("lty"), box.col = par("fg"),pt.bg= NA, cex = 1, pt.cex = cex, pt.lwd = lwd,xjust = 0, yjust = 1, x.intersp = 1,y.intersp = 1,adj = c(0, 0.5), text.width = NULL,text.col = par("col"),merge = do.lines && has.pch,trace = FALSE,plot = TRUE, ncol = 1, horiz = FALSE,title = NULL, inset = 0, xpd, title.col = text.col) 

x和y:设置图例在图片上的位置。

title：设置图例标题。（在图例盒子里）。

title.col：设置图例标题的颜色。

text.col: 设置图例中文本文字的颜色。比如说：text.col=’red’。

text.width: 设置图例文本文字的宽度。宽度比例与x轴相关。

trace：逻辑参数。如果设置为TRUE，那么显示出函数计算过程。

fill: 设置一个填充了指定颜色的盒子放在文本旁边。

border：指定该盒子的边缘颜色。

lty与lwd：设置图例中线条的类型以及粗细。

density与angle:设置图例中小盒子的底纹密度和角度。

bty:设置图例盒子的类型。只能选择o或者n。

bg：设置图例盒子的背景颜色。

box.lty/box.lwd/box.col：设置图例盒子边缘线类型，粗细，颜色。

pt.bg：设置图例中点的背景颜色。

pt.cex：设置点的膨胀率。

pt.lwd：设置点的边缘线的粗细。

xjust与yjust:上下调整图例的位置。

x.intersp与y.intersp：设置图例盒子空间大小。

ncol:设置图例显示的列数。

horiz:设置水平方式显示图例。默认为垂直方式显示

hist()： breaks设置每个柱的间距；freq柱图表示count或frequency；polt设置是否画图；density和angle可以设置柱上的斜线；axes设置是否需要画坐标轴； cor设置柱图的颜色；border设置柱图边界的颜色；xlim设置横轴范围；ylim设置纵轴范围。

layout()：mat用矩阵设置窗口的划分，矩阵的0元素表示该位置不画图，非0元素必须包括从1开始的连续的整数值，比如：1……N，按非0元素的大小设置图形的顺序。widths用来设置窗口不同列的宽度，heights设置不同行的高度。par()的mfcol,和mfrow参数也有类似layout的功能，不过相对layout就逊色多了。

par()：mar设置图离四个边缘的距离；bg设置背景颜色；xaxt和yaxt设置坐标轴标签的类型（=”n”表示不画轴标签）；xlim和ylim设置坐标轴的范围。

axis()：las设置坐标轴标签的方式（水平，垂直……）。

mtext()：为四个坐标轴添加标签。

text()：在给定坐标的位置写字。

lines()：lty设置线的类型；lwd设置线的宽度。

points()：pch设置点的类型。

heatmap()：Rowv和Colv设置是否需要按行或列聚类；scale设置是否需要按行或列标准化；na.rm设置是否移去NA；RowSideColors和ColSideColors可以在行或列边缘添加颜色；keep.dendro设置是否画聚类树。

dendrogram()：'nodePar'和'edgePar'都是list，可以方便的设置节点和边的各种属性，如：颜色，样式，宽度，标签……。

plot 散点图

plot(x, y = NULL, type = "p", xlim = NULL, ylim = NULL, log = "", main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, ann = par("ann"), axes = TRUE, frame.plot = axes, panel.first = NULL, panel.last = NULL, asp = NA, ...)

主要参数的含义如下：

（1）type为一个字符的字符串，用于给定绘图的类型，可选的值如下：

"p"：绘点（默认值）；

"l"：绘制线；

"b"：同时绘制点和线；

"c"：仅绘制参数"b"所示的线；

"o"：同时绘制点和线，且线穿过点；

"h"：绘制出点到横坐标轴的垂直线；

"s"：绘制出阶梯图（先横后纵）；

"S"：绘制出阶梯图（先纵后竖）；

"n"：作空图。

（2）main参数 字符串，给出图形的标题；

（3）sub参数 字符串，给出图形的子标题；

（4）xlab 和 ylab参数 字符串，用于给出x轴和y轴的标签。

（5）xlim 和 ylim参数 都是二维向量，分别表示x轴和y轴的取值范围。

1、符号和线条

    pch：指定绘制点所使用的符号，取值范围[0, 24]，其中4是“差号”，20是“点”

    cex：指定符号的大小。cex是一个数值，表示pch的倍数，默认是1.5倍

    lty：指定线条类型。lty=1代表实线，2至6都是虚线，虚的程度不一样

    lwd：指定线条宽度，默认值为lwd=1，可以适当修改1.5倍、2倍等

2、颜色

    col：默认绘图颜色。某些函数(如lines、pie)可以接受一个含有颜色值的向量，并自动循环使用。

           例如：col=c("red", "blue")需要绘制三条线，那么三条颜色分别为red、blue、red

   col.axis：坐标轴刻度文字的颜色，不是坐标轴的颜色

    col.lab：坐标轴标签(名称)的颜色

    col.main：标题的颜色

    col.sub：副标题的颜色

    fg：图形的前景色

    bg：图形的背景色( 先要用pch指定形状)

3、文本属性(用来指定字号、字体、字样)

    cex.axis：坐标轴刻度文字的缩放倍数

    cex.lab：坐标轴标签(名称)的缩放倍数

    cex.main：标题的缩放倍数

    cex.sub：副标题的缩放倍数

    font：整数。用于指定字体样式。1常规、2粗体、3斜体、4粗斜体

4、图形尺寸与图形边界

    pin：以英寸表示图形的宽和高

    mai：以数值向量表示边界大小，顺序为"下、左、上、右"，单位为英寸

    mar：以数值向量表示边界大小，顺序为"下、左、上、右"，单位为英分，默认值c(5, 4, 4, 2)+0.1

5、标题

    可以使用函数title，格式为：

        title(main = " ", sub = " ", xlab = " ",  ylab = " ")

   也可以直接把title里面的参数直接放在plot()里面

6、坐标轴

     axes=FALSE  将禁用全部坐标轴，框架和刻度全部没有了

     xaxt="n"   禁用x轴的刻度线

     yaxt="n"   禁用y轴的刻度线

     asp 限定 y/x aspect 比率

也可以通过axis函数自定义axis(……)    

     side：一个整数。表示在图形的哪边绘制坐标轴（1=下，2=左，3=上，4=右）

    at：一个数值向量，表示需要绘制刻度线的位置

    labels：一个字符型向量(也可以是数值型)，表示刻度线旁边的文字标签(刻度值)，如果整个不写，则直接使用at的值

     col：线条和刻度的颜色

     lty：线条类型

     las：标签的字体是否平行(=0)或者垂直(=2)坐标轴

     tck：刻度线的长度(默认值-0.01，负值表示刻度在图形外，正值表示刻度在图形内侧)

7、参考线

             abline(h=yvalues, v=xvalues)

            例如：plot(1:10)

             abline(h = c(1, 5))  #则在y=1和5处各有一条水平线

            abline(v = c(1, 5))  #则在x=1和5处各有一条垂直线

lines 给散点图连接直线

text 坐标轴中添加文字，格式：text(x,y,"内容",cex = ,col= )

par 绘图窗口分成多个区域

par(mfrow=c(a,b)):分成a行b列

apply 

例子：

b为：

      first second

one      1      4

two      2      5

three    3      6

apply(b,1,sum)

上面的指令代表对矩阵b进行行计算，分别对每一行进行求和。函数涉及了三个参数：

第一个参数是指要参与计算的矩阵；

第二个参数是指按行计算还是按列计算，1——表示按行计算，2——按列计算；

第三个参数是指具体的运算参数。

sort 数据按照升序排列

hist  立方图

x: 用于绘制直方图的数据，该参数的值为一个向量

break : 该参数的指定格式有很多种

第一种： 指定一个向量，给出不同的断点

breaks = c(0.5, 1.5, 2.5, 3.5)

第二种：指定分隔好的区间的个数，会根据区间个数自动去计算区间的大小

breaks = seq(0,30,by = 5)

freq: 逻辑值，默认值为TRUE , y轴显示的是每个区间内的频数，FALSE, 代表显示的是频率（= 频数/ 总数）

probability : 逻辑值，和 freq 参数的作用正好相反，TRUE 代表频率， FALSE 代表频数

 labels: 显示在每个柱子上方的标签，

axes : 逻辑值，是否显示轴线

 col : 柱子的填充色

border : 柱子的边框的颜色，默认为black, 当border = NA 时， 代表没有边框

densitty 和 angle , 用线条填充柱子

seq  生成一系列的数值

seq(a,b,c)

开始数值为a，结束数值为b，步长c,无步长默认为1

+, -, * , / 矩阵的四则运算，对应位置的元素进行运算要求矩阵的维数必须相同

t() 矩阵的行列转置

colSums() 分别对矩阵的每一列进行求和

rowSums() 分别对矩阵的每一行进行求和

colMeans() 分别对矩阵的每一列进行求平均值

rowMeans() 分别对矩阵的每一行进行求平均值

det() 解方程的行列式

crossprod() 解两个矩阵的内积

outer() 解两个矩阵的外积，又叫叉积

%*% 矩阵乘法，要求第一个矩阵的列数与行数相同

diag() 对矩阵取对角元素，若对象为向量（不管有没有缺失值），则生成以向量为对角元素的对角矩阵

solve() 在矩阵可逆的情况下，对矩阵求逆矩阵

eigen() 对矩阵求解特征值和特征向量